中油桃園煉油廠遷廠觀音事件發酵，讓沉寂多年的藻礁保育問題，終有機會浮上檯面。
桃園外海充滿珍貴藻礁，其中，又以小飯壢溪口至新屋溪口間，寬達500公尺、長約4公里之礁體最為完整，為當地居民所樂道。然而，長期來工業開發，藻礁被切割的零零碎碎，多處甚至無法有生物成長。即使2008年已依據《文化資產保存法》列冊追蹤，但3年來，桃園縣政府仍原地踏步。
過去國人對於藻礁的珍貴性並不是很了解，藻礁與珊瑚礁同樣具有造礁、提供底棲生物棲息空間的功能，但珊瑚礁由動物造礁，速率較快；藻礁是植物藻造礁，累積速率很慢。而有珊瑚礁的區域，藻礁通常競爭不過，需要環境不利於珊瑚礁之海域，藻礁才有機會出頭，相當具有獨特性，很值得保留。
2006年特生中心在觀音海岸進行研究時，意外發現中油公司、台灣電力公司、東鼎公司及經濟部工業局所提出之環評報告書，提及要在此段海岸建置6道突堤。經農委會於2007年5月8日發布之新聞稿，才引起媒體重視，陸續報導之後，才讓藻礁之危機呈現在國人面前。
農委會特有生物研究中心助理研究員劉靜榆表示，2007年5月輸氣管線工程直接穿過完整的藻礁，原本允諾只開挖4公尺的寬度，也因為搭設工作平台及堆置開挖後的藻礁碎塊，擴大影響區域，使得實際施工寬度範圍共達22公尺之多。
有鑑於桃園藻礁之特殊地景以及自然資源價值，農委會於2008年8月26日召開藻礁海岸保護區現勘會議，決議根據《文化資產保存法》成為劃設保留區前之列冊追蹤，林務局保育組也敦請桃園縣政府進行相關調查。然而，3年過去了，藻礁的現況又如何呢？
縣府：保留區保育等級太高
桃園縣政府農業發展局植物保護科科長胡淑芬表示，縣府正積極規劃保護小飯壢溪口到新屋溪口的藻礁，今年編列150萬元預算，預計發包委託研究團隊，在此地進行為期一年的自然生態調查；此外，也將與荒野保護協會桃園分會合作，朝劃設國家重要濕地努力。
胡淑芬說，前幾年林務局保育組雖撥款150萬元經費，根本不足以完成劃設，且文資法的自然保留區保育等級太高，若劃設為自然保留區，連人都不能進去，恐怕引發民眾不滿；因此，縣府酌情之後，聽從民間團體的意見，與荒野保護協會桃園分會合作，朝國家重要濕地努力。目前由縣府提撥150萬元進行先期研究，近日將開標。
今年的預算明年執行，並依劉靜榆建議，將調查應涵蓋4季。胡淑芬強調，國家重要濕地劃設並不影響已經完成環評的工業區，但若上游有偷排以至於污染入海口，則將依法處置。未來縣府將依據先期研究的結果，編列相關的保育經費。
經向林務局保育組承辦人員查證，2008年會議之後，桃園縣政府一口氣便要求760萬元進行調查以及劃設，但因保育組來不及追加預算，遂於隔（2009）年提撥150萬經費，建議餘款由縣府自籌，並提撥第一期款項90萬元給縣府進行調查；但縣府於2010年1月表示未執行全額退款。
2010年中、年尾又提要做，但是因為保育組沒有錢，遂於2011年再提100萬元預算。此次，縣府說要由中油、台電回饋金提經費進行這項調查工作，將林務局的補助改列80萬做高榮野生動物保護區（原731濕地，目前正公告中）之護欄設施。
林務局保育組承辦人員表示，目前桃園藻礁已經適用文資法第82條，其中「具自然地景價值者遇有緊急情況時，主管機關得指定為暫定自然地景，並通知所有人、使用人或管理人。」桃園縣政府可依此法條保護藻礁不受破壞。此外，即使劃設為保留區，仍可以環境教育之需申請進入，並非完全無法利用。
藻礁界限未完成 開發恐危及生態系
但因未完成調查研究，界限認定恐有問題。
其實桃園藻礁的分布十分廣泛，依據劉靜榆調查，桃園縣海岸的藻礁主要分布於大園竹圍漁港大鼎海岸、埔心溪口北岸、新街溪口至老街溪口北岸、草漯海濱、富林溪口北岸、小飯壢溪口南岸至新屋溪口北岸、新屋溪口至後湖溪口北側。光是保護小飯壢溪口到新屋溪口，顯然不夠。
「觀音不要煉油廠」自救會總幹事潘忠政表示，他們期待從觀塘一直到小飯壢溪沿岸都能保護下來。大園鄉潮音村往南一直到新屋鄉沿海都是藻礁，因大園工業區、觀音工業區污染，造成藻礁無法成長。目前沿海還有一個已經環評通過民營報編的大洋工業區尚未開發，此案一開發，新屋溪恐怕全泡湯了。因此，自救會反對桃煉廠遷到觀塘工業區，更進一步要求解編。
劉靜榆曾為文指出，「藻礁上面如以人工設置突堤，將直接把藻礁生態系徹底破壞，這種開發是不可逆的，且無法復育。」由石灰藻類所建造的礁體，原能保護海岸及陸地，而若將堤防蓋在藻礁上面，不但會改變環境，也勢必影響在此生長的造礁生物，進而破壞整個生態系。
劉靜榆表示，2007年中油尚未在此地施工前，這片是台灣現生的珊瑚藻生長較佳的區域，原以為中油的工程結束後，海洋會將覆蓋藻礁的泥沙沖刷乾淨，讓藻礁得以成長，然而，第二河川局於平行海岸線設置長帶狀之蛇籠護岸，雖於2010年完成，然而護岸內回填之沙泥沈積物不斷被潮水淘出，並覆蓋於礁體上，嚴重影響生長；且回填之沙泥發現是受污染的事業廢棄物。
對於桃園縣政府植保科表示將朝國家重要濕地規劃，保育組承辦人員表示不知情。只是，台灣目前《溼地法》還未完成草案，《海岸法》也未通過，如不先採積極作為，藻礁獨特的地景以及維護的生態系，恐不樂觀。
