台南市水雉保育曾因農民播種方式改變，而傳出集體死亡的消息，這幾年來透過台南市政府以及農委會林務局保育組的努力，最近一次野生動物保育諮詢委員會報告顯示，去年底至今年初調查統計結果，不但水雉隻數增加為485，死亡數由前一年的51隻降低到5隻，保育成效顯著，獲得野保諮詢委員會一致認同，也讓台灣保育治理典範再添一樁。
自從2010年發生水雉集體死亡事件，中華鳥會、台南市政府以及農委會立即介入調查，發現水雉死亡導因於誤食摻毒種苗，原來是農民為了降低成本，減少鳥害及鼠害，由插秧改為以摻入農藥的種苗直播，造成水雉間接傷害。
台南市水雉生態教育園區主任翁榮炫表示，每年12月底到隔年1月底是菱角收成後的水稻播種期，也是這幾年水雉中毒死亡的高峰期，經調查密集死亡的區域，分別位於園區的東、西側。第一次（2009年底到2010年初）調查共85隻死於誤食摻毒種苗，去年（2010年底到2011年初），普查399隻，死了51隻；今年（2011年底到2012年初）普查485隻，死了5隻。
農委會林務局自2010年開始介入處理，邀請慈心有機農業發展基金會進駐官田，推動「官田水雉農田棲地經營管理計畫」。慈心基金會副執行長蘇慕容表示，基金會以補貼方式，鼓勵農民在冬季水雉聚集期間改以插秧方式播種，且在2月前不灑藥，或休耕田地保持水田樣貌讓水雉得以覓食。
前（2010）年首先針對園區東側18公頃（下圖之A區）農民補助，死亡隻數明顯下降到51隻，去（2011）年底好不容易找齊西側17公頃農民，總共35公頃左右土地以一分地1000元微薄的金額補貼，沒想到農民都願意加入插秧的行列，結果也十分令人滿意，園區兩側再沒有死亡的水雉了！
5隻死亡的水雉，雖是零散分布，從表徵觀察，仍然與農藥中毒有關，其中有1-2隻應為幼鳥，這說明綠色保育概念扎根的重要性。對於此次的成果，林務局保育組技正林華慶表示，「是好的開始」，當官田走向友善環境的永續農業，保育成效才能維持。
雖然補助的農民仍以慣行農法耕種，但慈心基金會持續去年綠色保育標章精神，持續鼓勵、邀請農民有機生產。蘇慕容說，目前有8、9位水稻農民加入，第一期稻作正在收割，可望7、8月上市，消費者現可透過基金會預購首批的綠色保育標章水稻。
「最好是農民從生產中獲利，不需仰賴補助。」蘇慕容指出消費者在保育中扮演的角色，支持與購買綠色保育標章的農產品是最好的肯定。
去年推出的綠色保育標章菱角，網路1000多斤（約佔總產量25%）以及里仁通路全數賣完，蘇慕容說，不少消費者是衝著保育標章來的，也有不少消費者回流、詢問，但銷售一空的菱角，必須等到今年9月才會上市。
而農委會補助台南市政府水雉繁殖期間獎勵金，這幾年來已降低水雉繁殖期間風險，農民噴藥會避開巢位，鳥巢也都有鳥孵化，台南市政府將持續推動。農業局保育科科長李婉瑩也說，市府認為水源充足，維持水生植物樣貌，讓水雉盡量留在園區，避免到周邊的農田覓食，是解決水雉誤食致死的方法，去年在市長賴清德積極推動下，撥160萬經費，已修好園區附近台糖15號井，解決水源問題。
這次保育成效集合了NGO團體台南鳥會以及慈心基金會，農民、地方以及中央主管機關，民眾透過消費也可參與保育水雉的工作，是共同治理的又一範例。林務局保育組長管立豪即表示感謝民眾的支持與努力，保育沒有辦法只靠政府。他也提到保育工作必須隨時接受新觀念，吸收國外知識並融入在地經驗，轉化為可行的行動方案，而這正是此次保育行動致勝的原因。
