由於2008年9月分淡水河、新店溪及基隆河的河川汙染指標（RPI）數值偏高，引起環保人員的關注，擔心有不肖業者自上游排放汙水，導致水質遭受汙染。

經檢測10月分的河川水質，發現都已恢復為2008年的常態，淡水河及基隆河為中度汙染程度。環保局第二科科長林文楨指出，9月水質變差原因經分析，可能原因之一是水質調查前有多次颱風來襲，且帶來豐沛雨量，當時為考慮防洪安全而關閉所有截流站，除引入部分生活汙水至淡水河外，也有部分非點源汙染經沖刷而匯入，而造成水質異常。

10月的水質資料則顯示，淡水河系各河川的溶氧、生化需氧量、氨氮及懸浮固體物濃度都已較2008年的平均值為佳，河水不發臭，水質有明顯改善。

最近基隆的武崙溪和基隆河段都出現魚群集體暴斃的現象，大批死魚遍布河床，令人怵目驚心，基隆市環保局在經過調查檢測後表示，原因主要是天氣熱造成水中溶氧量降低，以及民眾不當放生魚類所造成；至於是否和河川遭到污染有關，環保局表示水質監測數據都是正常的，死魚事件和汙染沒有關係。

基隆河最近幾天傳出有大量魚群暴斃死亡，基隆市長張通榮也立即要求環保局調查原因，環保局調查後表示，主要是因為最近天氣熱，河面流速慢，水位變低，造成水中溶氧量減低，另外環保局表示他們在水中撈起的魚類也發現有許多不是該河段應該出現的魚種，也就是有民眾不當放生魚類，造成魚類無法適應該環境而暴斃，也是一個原因。

熱到缺氧！基隆河連續幾天出現大量魚群暴斃，環保署表示，第一時間接獲通報，目前得知河川死魚已經清除完畢，一旦狀況持續，甚至惡化，可能協調上游攔水設施導引部分水量，增加河川流量搶救水中生態

基隆河中上游連日出現大量魚群暴斃，九天內清潔隊員就撈起9噸死魚，環保署表示初步排除是不肖廠商排放廢污水影響，研判是天然因素，河川缺氧導致，據了解，未來如果魚群暴斃狀況持續，甚至惡化，環保署可能協調上游攔水設施放水，改善生態流量。

近來天氣炎熱，基隆河乾涸，河水溶氧量不足，大量魚群暴斃。自來水公司表示，這幾天基隆河取水量降低，不過魚群暴斃區段在取水口下游，對水質沒有影響。

目前新山水庫調配供水7萬5000噸左右，不過水庫蓄水量足，水位標高82米，近日又有如麗颱風，降雨機會增加，供水不會有問題。

基隆河水位近來明顯下降，部分河段的河床乾涸，河水也混濁，上週陸續有大武崙溪、鶯歌溪和基隆河魚群暴斃，除了大武崙溪是因施工污染之外，鶯歌溪和基隆河則是因天氣太熱、河水少，河水溶氧量不足造成魚群暴斃。

環保局連日派人打撈魚屍，已經撈起了9噸，天氣炎熱，惡臭四溢，連環保局人員都受不了。昨天還向消防局借來橡皮艇，在基隆河崇智橋沿岸打撈。

基隆河主流整治工程已完成2年，以生態工法打造的蛇籠護堤，卻因不堪河水沖刷、掏空地基，紛紛滑落下陷，崩塌土石淤積河道。汐止市公所直言，生態工法河道無法清淤，若雨季造成河水暴漲，容易潰堤，不適合人口密集的都會區。

市公所秘書廖春松表示，生態工法有別於一般河堤打地基排樁建堤，而以蛇籠堆疊方式成為天然土堤，但基隆河水量豐沛，水流不斷掏空蛇籠下方土石，汐止地區的蛇籠幾乎全坍塌下陷，原自基隆河床挖出建造河堤的土石，又再度淤積河道，對於汐止易雨地區而言，一但大雨來襲，短時間河水暴漲，基隆河無法迅速宣洩，就可能釀災。

淡水鎮公所技正汪精良指出，樹梅坑溪在颱風時一下子注入太大水量，造成損毀，水利局已發包修復。

汐止市南陽大橋下大排水溝，10月1日排出滾滾「紅」水，從岸上看去，基隆河像是被血染般，還發出陣陣刺鼻惡臭，景象怵目驚心；而上游的大坑溪更發現近百隻吳郭魚翻肚暴斃。環保局表示，已派員清查附近列管工廠，今將進入大排內，追查汙水來源。

環保局水質保護科長朱益君表示，已查出汙染大坑溪源頭，為一間洗染工廠，稽查人員當場檢測水質已超過標準，並帶回檢驗，10日後依汙染嚴重程度，將處以6萬至60萬罰鍰。不過南陽大橋「紅水」酸鹼度則是在標準內，應是經過大排時，被其他廢水稀釋。