為解決2001-2005年期間，多次風災造成石門水庫原水濁度飆高引發的缺水危機，立法院2006年1月13 日通過「石門水庫及其集水區整治特別條例」，第一階段（2006-2008）計劃即將屆滿，經濟部水利署日前召開工作會議，討論第二階段方案內容。

在上週（8月5日）召開第11次「石門水庫工作小組會議」上，除了討論通過將向「石門水庫及其集水區整治推動小組」提出的「石門水庫及其集水區整治計畫的第二階段執行計畫」，同時也聽取台經院對於整治效益評估的初期報告，農業委員會水土保持局則報告其所進行的生態檢核表的進度。會中並且決定爾後各工作分組召集人改由官方代表出任，原先擔任召集人的學者均改任顧問。

水患治理監督聯盟自去(2007)年開始參與石門水庫整治計畫後，在與各機關協調的過程中，常常遇到某些工程已經發包進行之後，才發現其對環境的破壞太大，但在此時受限於合約以及工程計畫，很難再進行大規模的修改。因此特別在第二階段執行計畫實施之前，與水土保持局商談就第二階段執行計畫規劃中的工程，選定40幾處環境較為敏感的區域，在細部規劃之前就進行會勘，雙方共同商討其工程的必要性以及工程的最適規模。

2004年8月，艾利颱風來襲，新竹桃園山區降下40年以來的最大豪雨，雨水夾帶泥沙自上游而下，供應桃園地區民生用水的石門水庫成了泥漿壩，桃園人也開始了連續18天無水可用的惡夢。

為促使石門水庫的治理能更為完善，並符合石門水庫及其集水區整治特別條例中重視環境生態的治理精神。由數個重要的民間NGO團體組成的水患治理監督聯盟特別組隊參與了由石門水庫整治計畫中的集水區保育評鑑小組所實施的第二次評鑑作業。而為尋求能在評鑑作業中，進行積極有效的參與，聯盟先後於本年1月16日拜會評鑑小組領隊水利署楊偉甫副署長，1月21日拜會評鑑委員汪靜明教授，也都得到非常善意的回應，受邀全程參與評鑑作業，並且提出建言。