每年湧入數10萬的觀光人潮的綠島，每日最高排放廢水量有1500多公噸，而綠島至今連一個污水處裡設施也沒有，部分學者專家擔心會影響綠島珊瑚礁感染「黑病」。

負責綠島珊瑚總體檢的中央研究院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫表示，綠島珊瑚黑病是否和排放廢水有關，還需進一步調查，不過，可以確定人口密稠處感病的情況最嚴重。他建議綠島應該迅速設置簡易廢水處理設施。

觀光局東部海岸國家風景區綠島管理站表示，設置大型污水處理廠，面臨土地徵收等問題，緩不濟急，建議由綠島監獄、學校等單位，自行先設置雨水、污水處理設備，再進一步處裡一般家庭廢水。

強力水柱沖洗是讓豬隻們生長健康的基本動作，但廢水不能任意排放，所以全台已有九成的養豬業者都擁有三段式的處理裝置，透過固體液體分離、厭氣池和曝氣處理來淨化水質處理過的廢水能再回收利用，而國內專家不斷努力研發，現在出現能更省時省力的分批式處理設備加強利用微生物作用來縮短處理流程，如此能節省成本，預料將是台灣畜牧業的另一突破新開發的廢水處理設備，未來將進一步改良成能發電的新科技，目標將廢水變成連外國人都驚艷的肥水。