環保署長魏國彥20日應邀參與「2014全國NGOs環境會議」，面對后里農民質問中科三期為何可以「邊施工、邊生產、邊環評？」「全世界有哪個國家可以這樣？」他回應，他相信這是一個非常重要的案件，未來會有許多論文產出，不論是環保署的觀點，以及主張現在環評違法的觀點，未來都有機會受到相當多的評價和檢視。
這是魏國彥上任後首次於公開場合與環保團體對談，在20日會議中，他跳脫原訂的「報告環境政策」題目，改談「我們的夢與機會」，以感性的態度談論他希望台灣環境的永續方向。他說到自己的夢想，是希望汙染絕跡，後代子孫問父母親「什麼是汙染」時，父母要帶孩子到博物館、或是看紀錄片才看得到。
儘管作家張曉風肯定魏國彥是一位看到環境破壞「會有感覺」的人，但記者從其報告中並未聽到太多實質政策的陳述，直到公民提問階段才有所觸及。但他首先面對后里農民質疑「中科三期違法環評」的問題，便稍顯招架不住。
中科三期2006年有條件通過環評後，多年來纏訟不斷，兩度遭最高行政法院判決撤銷環評（2008年遭撤銷、2010年的補作環評再於2013年遭撤銷），但至今未停工停產，目前僅補作第二階段環評。后里農民陳欽全、廖明田長期為此議題奔走，陳欽全當面質問：「請署長告訴我們，中科三期為何可以邊施工、邊生產、邊環評？…全世界有哪個國家可以這樣？」
魏國彥第一輪回應時表示，若考量法院判決的心證，最主要就是認為環評的過程中民眾參與度不夠，因此目前進入二階段環評可以有更透明公開的參與。
環境法律人協會秘書長林仁惠則高舉「違法環評」牌子質疑，「署長您還是沒有回答問題，為何可以不必停工。」「對就是對，錯就是錯。」魏國彥一方面說，未要求廠商停工是因為要考量「信賴保護」原則；另一方面則說，中科三期想必是一個非常重要的案例，如果民眾認為環保署的執行有偏頗，想必未來都會有非常多的論文以此案為研究對象，未來各方意見都會有相當的評價，就留待到時候再說。
集水區規範爭議 「不要改也可以」
另外，有關於環團質疑修改「飲用水管理條例」條例規定，是鬆綁水質保護區的保護，是要開發集水區，魏國彥則澄清環保署原意是把法規定得更清楚，而不是鬆綁，如果大家有意見，「就不要改也可以。」
另外，他也指出，整個地球已經變成「楚門」了，因為像地球監測衛星、河川自動監測系統等等獲得的資料，人們已經可以獲得許多即時的、大量的整體性資料，政府的任務必須是把這些資料作data mining，他正規畫把環保署建置的雲端資訊「環境雲」與「政府雲」作嫁接，讓這些資料的應用可以進入決策。
魏國彥最後表示，由於既定行程眾多，有許多環團的提問無法當場一一互動，但未來願意安排機會參與，「只要邀請，我就會來。」
