為了解決13多萬間農地違法工廠以及每年持續新增6千間違章工廠亂象，行政院2017年3月27日成立跨部會專案小組，鎖定第一波欲拆除的新增建17間違章工廠，但一年過去，這17間僅拆除10間。環團26日召開記者會質疑蔡英文政府的「即報即拆」政策破功，呼籲政府信守承諾，第一波儘速於3月底拆除完畢、第二波儘速啟動。
地球公民基金會、環境權保障基金會、主婦聯盟環保基金會、環境資訊協會等團體共同指出，目前全台灣僅有台中有編列人力專門處理違章工廠，3+0.5個人，而違章工廠最嚴重的彰化縣，一年只編列100萬的拆除經費。各縣市的局處編制應因應台灣獨有的新增建違章工廠氾濫現象，而有更充足的人力調配。
環團並要求，專案執行相關照片及資訊應公佈於網站，以利民眾監督。而各縣市政府應將拆除業務常態化，建置處理農地違規查報的專責單位，並編列足額的預算和人力，扭轉過去不執法或選擇性執法的陋習。若真有困境，則應儘速修法或提出修正計畫，建立正常的公務運作體系。
地球公民基金會專員吳其融表示，各層級的公務人員必須面對民意代表違法關說的困境。目前未拆除完畢的7間違章工廠，4間拆除中，而仍未進行拆除的3間違章工廠，1間是因為流標，正在辦理後續行政流程；剩餘2間，有1間器材全數撤出，另1間停工中。
台灣環境資訊協會秘書長陳瑞賓揭露，農地上高污染性的電鍍違章工廠，以稅籍資料推估約有2,213間左右，污染裁罰記錄顯示工廠廢水，仍有直接影響蔬果稻米的疑慮，危害國人食安。
他指出，國際社會逐漸重視「企業社會責任」，工廠的上下游供應鏈一併受到關注和檢視。企業若將污染成本外部化，犧牲環境與人民健康，來換取廉價的不合理競爭，有可能遭受停止採購或大規模貿易制裁的風險。經濟部長年假藉輔導之名，卻無能解決違規工廠及污染問題，極可能導致台灣產業危機，應盡快以政策導正。
主婦聯盟環境保護基金會研究員湯琳翔表示，農地違章工廠的猖獗是地方政府治理失能的結果，其中以彰化、台中、桃園、高雄、新北、台南、新竹等縣市最為嚴重，但全台僅有台中市府有針對違章工廠查報的3.5個人力，其他縣市皆掛零。
此外，各縣市拆除違建的預算相當少，完全沒有針對拆除違章工廠的預算，例如彰化和新竹縣全部拆違章的經費只有100萬，其他縣市也僅有1000-3500萬不等，相較於各縣市動輒數萬家的違章建築，一至二萬間的違章工廠，根本等於放棄執法。
湯琳翔強調，違章工廠違規行為，牽涉到農委會、內政部（地政司、營建署建管組）、經濟部、環保署等多個部會，更須地方政府各局處共同現勘執行，呼籲各縣市儘速調整人力配置，將新增建違章工廠拆除業務常態化。應有專責新增建違章工廠查報的人力，以利掌握全台的農地破壞情形。
地方政府的法規和處理機制應全面檢討
針對各縣市政府制定的要點、程序及行政命令加以分析後，環境權保障基金會專職律師郭鴻儀認為，應加以全面檢討，並建置常態性、系統性的農地違章工廠處理機制，以落實「520即報即拆」政策。
郭鴻儀補充說明，農地違章工廠牽涉區域計畫法、都市計畫法、環保法規、建管法規、農業法規及工廠管理輔導法，縣市政府應整合各局處資源處理。他強調違章工廠的污染問題結合國土空間區位不當使用問題，影響農業發展環境，更攸關國人飲食安全。「新的不要有，舊的要處理」是最基本的底線。
根據環團盤點，目前除台中市政府已訂定「台中市未登記工廠輔導及清理程序」及「台中市農業用地新增未登記工廠強制拆除作業程序」，從積極管理輔導，到針對農地違章工廠的強制拆除，並明定各區公所協助查報的「協請區公所查報未登記工廠作業及獎勵要點」，其餘縣市僅有台南市於去年及前年提出清理、輔導計畫及稽查小組作業要點。
致於違章工廠問題也極為嚴重的新北市及桃園市，則均為空白，僅以違章建築一概而論；彰化縣政府僅有裁罰標準表，高雄市則2002年矯正未登記工廠執行計畫後，便未見到後續法規配套。
環團質疑，2018選舉即將到來，蔡政府所承諾的2016年520後新增違章工廠即報即拆，一年來也只拆了10間，是否因為地方政治壓力而停下來？若依此速度，全台灣13萬間違章工廠，何年何月才能處理？
環團共同提出呼籲如下：
一、行政院落實「520即報即拆政策」；第一波17間違章工廠立即拆除，資訊透明公開以利監督，並啟動第二波拆除計畫！勿因選舉動搖整頓違章工廠的政治決策。
二、縣市政府編列足夠預算、人力，優先要求農業局（處）、經發局（處）有違章工廠查報業務的人力，務必要求各相關局處均有人力可共同稽查確認。
三、經濟部立即停止違章工廠輔導方案，成立跨部會專責行政法人，優先針對中高污染違章工廠進行安置、遷移及拆除方案。
