野溪整治，成為政府解決水患、營造景觀的手段，但是失去完善規劃與監督，產生許多問題。台東海端村旁的野溪，整治後水泥化三面光，還設置固床工，被譏諷為生物的五百障礙，造成不小風波，事後進行改善。
屏東恆春太平頂地區，許多野溪穿過台地地形，居民引水灌溉，生物作為棲息之地。一條名為橫溝的野溪，突然遭到開挖，原有溪溝進行整治，挖出有如山谷的工地，破壞地貌。當地農民陳先生表示，因為大雨之後溪水暴漲，沖毀田埂，才會要求整治。不過這條溪溝除了生態豐富，還遍布化石，具有重要文化資產。屏東環盟獲報後，進行瞭解，希望先停工，再討論如何處理。
苗栗多為丘陵地形，一些野溪切割丘陵，形成優美河谷。景山溪支流魚藤坪溪，過去建有約400公尺步道，後來獲得客委會補助，苗栗三義鄉公所以發包維修舊步道為名，繼續向前新修步道，破壞近800公尺河床。工程為了方便大型機械運作，就直接輾壓填埋河床。
溪谷原本有許多深潭，是魚類棲息環境，現今都遭到填埋。生態專家李璟泓，在溪谷裝設自動相機，拍攝珍貴生態，其中有許多保育類動物。李璟泓表示，過去興建第一期步道，就已經危害生態。
魚藤坪溪開發步道破壞生態，引發社會關注，立委陳椒華召開記者會，邀請專家學者與政府代表，討論溪流開發問題。客委會指出，步道工程原本希望以手作方式進行。三義鄉公所表示，工程由得標廠商施作。陳椒華希望先行停工，再討論如何補救。
南投鹿谷的北勢溪，一段水域正進行防災整治，透過生態工法，盡量保持河流自然原貌。特別是溪流旁的步道，在居民要求下，也以手作方式整理施作。
台灣野溪整治，在開發思維下，造成生態危害。在民間與政府溝通協力下，開始推動友善環境的整治工程。希望讓野溪整治的亂象，不會一再出現。