藻礁公投過後，公民團體重新思考政府推動重大公共建設或開發案時，是否充分納入公民參與機制。民眾黨立委蔡壁如、邱臣遠等人與民間團體18日舉辦「擴大行政計畫公民參與」公聽會指出，現行聽證規定形同虛文，缺乏落實辦法，不論是開放萊豬進口、三接案，現在開放日本福島食品，到未來四接填海造陸等，不是強勢輾壓，就是直接公布行政命令，跳過立法院審查和與民眾溝通。
民眾黨立院黨團攜手台灣公民參與協會、惜根台灣協會共同舉辦「擴大行政計畫公民參與」公聽會，潘忠政回顧中油三接案的公共討論過程指出，現行的「公民參與」制度還有諸多缺失，經濟部作為三接案的行政主管機關，態度消極推托，相關公開說明會流於形式，民眾只能單方面被告知當地有開發案，無法改變政府決策。
我國《行政程序法》第163、164條規定：「行政計畫有關一定地區土地之特定利用或重大公共設施之設置，涉及多數不同利益之人及多數不同行政機關權限者，確定其計畫之裁決，應經公開及聽證程序，並得有集中事權之效果。」也就是說，政府推動土地開發或重大公共建設時，如果涉及多數人的利益和不同行政機關權限，須有公開說明或聽證的程序。
但蔡壁如指出，《行政程序法》相關規範制定20年至今，仍然沒有具體實施辦法。加上台灣重大公共建設計畫的擬定過程，並未強制要求做社會溝通，導致民眾只能用激烈的抗爭手段來表達意見。
對於《行政程序法》目前的問題，台北大學法律系副教授陳愛娥建議，應該將「廣泛收集意見」的程序法制化，並在研擬政策時做出統合的觀察與討論，同時思考配合環評、土地徵收等相關法規的方式，擴大公民參與。
台灣大學法律系教授林明鏘則認為，可優先針對重大公共工程修訂「行政計畫專法」，例如針對台電電網更新、廢核、中油搬遷、台鐵公司化等重大公共工程計畫，明定計畫擬定、確定、修訂、公民參與等程序，或許有助解套。
環境法律人協會秘書長郭鴻儀認為，《行政程序法》本身也要修法。在規範公共建設的構想、核定、變更、檢討等各個程序上，《行政程序法》皆須提供公共參與最低限度的保障。
對於專家建議，法務部專委張玉真回應，《行政程序法》只是原則性、通用性的程序規定，無法針對個別公共建設計畫訂定具體程序，建議回到各別專業法律增訂「辦理公聽會或聽證會」等規定。
國家發展委員會專委黃忠貞則表示，考量政府的行政效能，加上個別計畫不一定符合《行政程序法》應辦聽證的要件，若全面規定中長程計畫皆應辦理公民參與程序，可能不太適合。但國發會願意參酌專家意見，優化對社會參與及政策溝通成效的審查。
