過去的小農制度，農業污染物的產生是點狀零星分佈的。在注重量產的現代化農業生產方式推波助瀾之下，牧場變工廠，農場變農業專區，農業污染逐漸由水路與空氣將點連成線，再拓展成面。加上缺乏減污管理、疏於監督、以及執法不當的結果，將造成區域的污染負載量急遽升高，提高人畜交叉感染疫病的機會，加深區域污染的累積效應。中國學者提出警告：農業將成為污染的罪魁禍首。
農業的範圍十分廣泛，在農業生產過程中所伴隨的廢棄物、施用過當的營養物及藥劑、生產過程的代謝物、促進成長之非自然物質的生產與運用，爾後又未適當處理者，都算是農業污染物。此外，未經檢疫的境外移入農業物種所帶入的病蟲害問題，或是基因轉殖農業生產對原生物種基因的干擾等，也是農業污染的一項重要課題。在全球開始倡行生質能源之際，不受食用作物生產所規範的農業型態下，造成的農業污染狀況，將可能使問題的防制更加棘手。
過去倡導農業現代化所產生的遺毒，例如農藥污染在生態系的循環、對地下水的污染、環境賀爾蒙的隱憂、抗生素過渡濫用的後遺症，在科學佐證下，逐漸被揭露。
以中國為例，中國的農業污染佔全國總污染量的（指工業污染、生活污染及農業污染之總和）的1/3至1/2，被視為與惡性腫瘤及死亡率的提高有關。農藥會造成人體及其他生物的急性中毒、干擾內分泌運作、降低繁殖能力、可能引起肝病及癌症、危及生態平衡。農用抗生素的過渡濫用，使人畜共通或跨物種疾病的治療更加棘手。施用過剩的肥料與畜牧廢水，造成水域優氧化造成原生生物物種的生存威脅。
永續農業已然是全球運動，日本及歐美國家在過去20年間逐漸引領環保農業運動。國際對於農產品品質要求條件更趨嚴格之下，逐漸從各個面向開始隨著時代潮流逐漸進行轉化，截至去年底，歐盟有機農業佔農業總種植面積5％，已是世界上比例較高的區域。歐盟並在12月研擬一項在學校、醫院附近禁用農藥的新指令，以保障民眾健康與食品安全。
雖然進展緩慢，農業永續經營思維似乎開始扎根。永續農業及污染物減量的工作可以從很多面向著手，例如環保農具的開發（例如可分解育苗杯、套袋）、生物技術發展（例如微生物製劑及減污技術）、維護生態平衡的有機生產理念的推廣（例如加州有機農業的發展）、政府與民眾對土地倫理的覺醒（例如歐盟對於有機農業管理的哲學與行動）、農業施作流程管理的改進（例如農藥與肥料施用技術及管理流程的改善與監督）、民眾親近自然及價值觀的轉化（例如台灣桃米生態村的理念、珍古德的生活價值觀）等。政府與民間如何共同合作將現有的個案從點，串連成線，再擴展成面。最後以法律作為基本規範的工具，佐以定期的環境與流行病學監測與資料建立，對於農業污染防制與農業的振興，非常重要。
