520台南水患奪走兩條人命、上千戶淹水，加上仁德太乙工業區受創，肇因三爺宮溪全線無堤防且護岸還比二仁溪低了3公尺，市府水利局評估，整治三爺溪水患至少要花60億，短期內將以南岸萬代橋至一甲排水間的簡易堤防工程應急，讓沿岸居民免於淹水夢魘。
從三爺溪水患看台南市過去的治水工程是否未對症下藥？市府水利局長李孟諺解釋，台南市各水系有不同的治水需求，會造成水患，「簡單說，從過去到現在，各水系治水工程都在進行中，但每個水系都有整治好的部分及未完成部分，未完成的部分就成為防洪缺口，大雨一來，水就從缺口溢流」。
以造成520水患的三爺溪來說，除了沒有堤防，排水斷面小、深度不足，到了中山高仁德交流道的萬代橋，又成為排水瓶頸，就像被掐住咽喉般，以520當天，半天降雨量逼近300公釐，沿大灣排水而下的水勢到三爺溪根本排不出去，造成仁德區多處淹水。
李孟諺表示，要徹底整治三爺溪，治本工程包括加高護岸、河道深度下挖2公尺、在萬代橋兩側截流，甚至還包括拆除萬代橋等治本策略，但每一項治水計畫都需要經費與時間，拆不拆萬代橋更牽涉仁德交流道交通癱瘓等問題，各環節彼此影響錯綜複雜，非短期能見效，但民眾淹水淹怕了，目前得先找出最快、最有效方法，讓沿線民眾不再每逢大雨就有淹水恐懼。
畢竟治水不像開路，道路工程作到哪，車就能開到哪，但治水不同，各水系有主要河川及區域排水，主、支流如何匯流、堤防要建多高才擋得了洪水，需有個別規畫考量，市府水利局將全市依八掌溪、急水溪、曾文溪、鹽水溪及二仁溪等5大河川，畫分為4大水系，以河川與河川間的區排分別規畫各水系治水對策。
4大水系都有堤防或護岸高度不足且有缺口、排水斷面過小及外水過高、內水不及抽排等問題，市府評估，要徹底解決台南市水患需600億元經費，除中央8年800億元治水特別預算已到位的150億元，尚缺450億元何時到位遙遙無期，李孟諺表示，市府在今21012年及明2013年針對4大水系每區編列4億元經費，「應急、保護工程先做，就算不能完全解決水患，至少要減少淹水頻率」。
其實，水利局有套治水藍圖，主要河川及治理概況與防汛缺口、區排間的堤防與護岸加高加固及瓶頸段打通等，都有分區解決對策，只是藥方有了，卻苦於沒錢埋單，以致只要大雨一來，不只易淹水地區民眾「剉咧等」，水利官員也寢食難安。
