「假農作真種電」屢次引發爭議，地方政府為確保農地農用，鐵腕執法撤銷使用容許。不過，也有光電業者批評執法過當，讓「真農作」的光電也被波及；就算是農作用心經營，種得再好，但稍有調整，如原本種甘薯葉改種山蘇，種絲瓜改種香蕉，也面臨被撤銷許可的風險。
經濟部能源局認為部分確有爭議，遲未撤銷業者籌備取可，也因此遭監察院約詢。一個政府二種步調，行政院能源及減碳辦公室現已積極介入協調。
種蘑菇改種山蘇 種絲瓜改種香蕉：違法
光電板下空無一物，或是擺放寥寥數個香菇太空包，「假種田真種電」現象橫行，農委會因而規定農地種電必須依照原核准的農業經營計畫內容使用，且農業生產產量須達農業統計年報最近三年平均產量七成以上，並在各地加強執法。根據農委會消息，截至五月底止，已有103件農業設施因此被廢止，其中81件在台南。
對於地方的執法狀況，太陽能發電系統公會理事長郭軒甫指控，台南市農業局正在執行「無差別」撤銷容許。無論是没有實際種植、種植不夠好、種植很好且依規定種植者，全都被撤銷農業容許。
郭軒甫說，「假農作真種電」的許可應該被撤銷，但是，由公會所輔導的74個被撤照案例，都是「真農作」的光電廠，他們因違反「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」第33條──未依農業經營計畫使用，而被廢除許可而被撤照。違法理由包括原本計畫種四項，後來種了五項；或是原本申請種甘薯葉，後來種了山蘇。
郭軒甫舉例，某個案原本申請種木耳，後來發現種鹿角靈芝狀況比較好，但農業局還是要求改回木耳。有的案件原本是申請在溫室「外圍」種絲瓜，因前一陣子香蕉價格好而改種香蕉，也被要求砍掉香蕉樹，不然就要撤照。
大員法律事務所律師、前台南縣長蘇煥智認為問題在執法者「法律過度解釋」、「違法濫權」。他說，農業使用本來就沒限制只能種甘蔗、或是只能種稻子，難道種芒果改種蓮霧就是違法嗎？
「這是違反母法」，現在問題主要出現在台南，以後變成全國性的話，「百姓會死的很難看」。
過度解釋法律？ 農委會：禁得起司法檢驗
農委會企劃處長蔡昇甫表示，截至五月底，申請農地與光電設施結合共3151件，這說明政府還是支持以「農地農用」原則來結合綠能。廢止103件是為遏止極少數的不肖業者，不要壞了農業跟綠能業者的形象。
蔡昇甫解釋，個案有個別的問題，要依個案分析。業者如有疑義，可申請行政救濟。至5月底，103件被撤銷其中68件申請訴願，全部是業者敗訴。不服者可再提行政訴訟，到目前為止判決確定的，也都是業者敗訴。實在很難說地方政府依法行政有錯。
蔡昇甫補充，經營計畫書是業者所提的，如果當初計畫不周，可以循程序去變更經營計劃書，法令並未禁止更正。
業者盼政府積極輔導 尋找農電共存的可能
郭軒甫反批農業機關是說一套做一套，現況是沒有人敢申請變更經營計劃書，因為官員已經放話，送進來不一定會准許變更，甚至就直接撤銷許可。
郭軒甫說，每個光電廠都是很大的投資，如果政府有心輔導，業者決不會故意不做。但是，當業者詢問如何改善，台南農業機關卻直指：「拆掉光電板」。
郭軒甫認為，雲林縣的做法值得參考。縣府會輔導業者種植項目，密度該多少，然後依法查驗業者有沒有依照規定種植，有沒有實際採收。政府可規定種植量，至於產量，有哪個農夫能保證呢？
至於行政救濟，郭軒甫說，訴願基本上贏的機率幾乎是零，而行政訴訟贏的機率只有5%，再經過上訴等程序，就算業者贏了，最後也垮了。
「很多奇奇怪怪的東西，讓你沒辦法走下去。」郭軒甫最後無奈的說。
一個政府二個步調 行政院監察院介入釐清
農電爭議另一個關鍵角色是能源局。能源局副局長李君禮表示，光電業者被撤銷使用容許的理由確實還有討論空間，所以現況是：部分個案已被農委會廢止農業設施容許，但能源局還未撤銷籌備許可。
一個政府兩個步調，李君禮說，能源局因此承受很大的壓力，還要去監察院說明。現在行政院能源及減碳辦公室正積極協調，未來還是會依法進行。
