衛福部今（2014）年初修訂《食品安全衛生管理法》，正式將基改原料來源追溯與標示納入規範；然而基改作物含量達多少比重須強制標示，衛福部卻遲遲未有定論。
參考各國現行標準，歐盟為0.9%，韓國為3%，馬來西亞3%，我國與日本皆為5%，被主婦聯盟環境保護基金會、消基會等團體批為太寬鬆。衛福部上月30日做出決議，將黃豆、玉米等非故意基改摻雜容許量下修到3%，超出容許量者即須強制標示，食用油則不在此限。此修訂將於2016年1月1日起實施。
基改標示棄守0.9% 主婦聯盟批失信
針對基改食品原料的規範，衛福部食品藥物管理署從去年的立院質詢就當場承諾，未來將比照歐盟標準，產品中有0.9%重量的基改黃豆、玉米就要標示基因改造。衛福部更於今年1月7日在網站上公告，「現擬修正有關基因改造食品標示規定，將應標示『基因改造』或『含基因改造』之非屬有意摻入之摻雜率，由5%修正為0.9%。」。
然而衛福部卻在4月29日召開「含基因改造原料食品之標示」專家會議，並做出最新結論，將0.9%打折為3%，引起主婦聯盟等民間團體批評。
聯合晚報引述台大農藝系教授郭華仁的看法，認為基因改造的摻雜率訂為0.9%是人民知的權利，雖然新修食藥法法條沒有明確寫出以0.9%摻雜率為標準，衛福部若要放寬修正，雖沒有違法，但已失去誠信。
對此，食藥署副署長姜郁美表示，歐盟0.9%的容許量標準仍是食藥署的終極目標，將視新規定施行結果、追蹤追溯系統與檢驗系統等配套措施，以及原料供應量情形，再逐年檢討，逐年繼續下修至0.9%。
食用油非基改？ 立委質疑衛福部為廠商開脫
衛福部的公告中並再次重申，食用油、玉米糖漿、玉米澱粉等高層次加工品「不含」轉殖基因的DNA片段或蛋白質，得免標示。
然而歐盟的0.9%容許值規範並未排除食用油等高層次加工品。據上下游新聞報導，立委林淑芬曾在去年提案，要求衛福部將各種食用油、玉米糖漿、澱粉等一起納入基改標示範圍。蘋果日報的報導也指出，立委黃偉哲去年便在記者會上要求，民眾應有知的權利，現在民眾連選擇權都沒有，質疑衛福部為廠商開脫。
主婦聯盟遺憾表示，台灣的檢驗技術不足，就算要求廠商標示，也無法查出產品中是否含有基改作物。主婦聯盟呼籲，未來相關配套措施，如追蹤追溯制度建立完善後，仍應仿效歐盟規範，高層次加工品亦須標示基因改造來源。
對於衛福部現行的追蹤追溯系統，主婦聯盟環境保護基金會表示，衛福部與民間團體的認知有落差。主婦聯盟提議將追蹤追溯系統能擴及海關，讓消費者和稽查單位可從貨號和買賣紀錄追蹤產品流向，使民眾對食品的知情權「從海關到餐桌」都能獲得保障；衛福部卻僅要求進口商提供產品資訊。
農委會推廣國產大豆 標榜100%非基改
另一方面，要吃黃豆或許可以有非基改的選擇。國內99%黃豆仰賴進口，其中又有9成以上是基因改造。根據農委會資料，台灣每年進口240萬噸黃豆，75%拿來煉製沙拉油，32萬噸當飼料，其餘約28萬噸則是豆類食品。
農委會為讓國人方便買到國產大豆，2012年起配合小地主大佃農政策，積極輔導大佃農及農民契作生產非基改優質大豆，今（6）日特邀請大豆產區農民團體、專業農戶及營養專家現身說法。
農委會強調，不論有機或慣行栽培，種植過程都經抽檢監測，100%非基改。後續將導入產銷履歷、有機驗證及QR-code，讓國產大豆品質安全更有保障。
