依據公共工程委員會之定義：「生態工法（今稱生態工程）係指人類基於對生態系統的深切認知，為落實生物多樣性保育及永續發展，採取以生態為基礎、安全為導向，減少對生態系統造成傷害的永續系統工程皆稱之。」從此台灣開啟了工程將生態保育觀念由體制外納入體制內的嶄新一頁。
近幾年來政府大力推行生態工程，基於作業考量，生態工程逐漸變成箱籠、蛇籠、打樁編柵、砌石護岸、噴植草種等工法的代名詞。然在設計過程中，最常遭遇到的問題多認為生態工程常採用植生或木石等自然資材，相較於鋼筋混凝土，顯得不夠堅固，或欠缺相關試驗數據，導致使用起來擔心萬一崩塌或失敗，責任歸屬的問題，並因此逐漸有「生態工程不安全」的言論出現，或在「安全為基礎，生態為導向」還是「生態為基礎，安全為導向」中爭辯，部分主管機關或開發單位，甚至常以安全為理由，包括道路崩塌誰負責，邊坡倒了壓死人怎麼辦？等論點作為抗拒生態工程的藉口，將生態與安全掛勾，形成要生態工程就不安全的詭譎，甚至拿出很多失敗的案例加以證明，生態工程就是豆腐工法，不堪一擊。
重視操作過程而非結果
在繼續探討生態與安全孰重孰輕前，必須先釐清生態工程的內涵，首先生態工程在乎的是操作過程，而不是結果，在本質上，開發單位面對生態問題就像是面對地質問題一樣，我們不會說地質工法（工程），因為地質是一門科學而非工程，正確的說法應該是「地質學在土木工程上的應用」或稱之為應用地質學，與工程更直接的是工程地質學；同樣地，「生態學在土木工程上的應用」或稱之為應用生態學，應該才是生態工程的核心思想，領域包括生態友善方案（包括計畫、設計、施工、營運、廢止）、生態補償、生態調查與監測、生態反饋計畫、生態研究等實質內容，經過充份生態考量的土木工程，應該都可稱之為生態工程。
事實上，工程師在操作生態工程已有豐富的經驗，許多人忘了人類也是大自然的物種之一，所有的工程都是為了讓人類這個物種受益而做的，因此所有的工程都可以說是人類的生態工程。然而就像現在工程師或開發單位所遭遇到的，興建一條道路可能對很多人有利，但也會對一些人造成危害或不便，例如住宅區、醫院等需要寧靜環境的場所，亦或是路線經過土地面臨徵收的民眾，許多家長也會擔心學童穿越馬路是否安全等問題，這些都是工程師經常碰到的人類生態課題，也是興建道路時所應克服的工作內容之ㄧ，盡量減少這些民眾所受到的影響或干擾程度。
相同地，除了人類外，多數生物不能從道路興建中得到好處，為避免生物（生態）資源被破壞，所應進行的相關生態保護措施，將對象從人類擴大到其他的生命，降低生態成本，進而提升道路的整體價值，乃生態工程之主要目標。
沒有所謂的「絕對安全」、「絕對生態」
其次，我們應明白工程沒有所謂的「絕對安全」，其真確的意涵是「風險」，如紐澤西護欄並不能保證在任何情況下都能防止車輛墜落，而是在某些條件下，裝設紐澤西護欄可減少多少風險，這是機率問題而非安全問題。我們所謂的耐震係數、安全係數、洪水頻率，其實都是在探討風險，我們能承受淹水的風險能力遠較承受潰壩的風險能力高，所以，我們蓋堤防不會蓋得像水壩一樣堅固，並非是工程技術不允許，而是因為不划算。相對地，工程也沒有所謂的「絕對生態」，正確的說法是我們做一個工程時，所付出的生態損失有多少，未來所冒的生態風險有多大。
在不同的狀況下，所能容忍的風險也大不相同，例如買一頓飯冒拉肚子的風險與騎車不戴安全帽的風險差異甚大，工程生態考量，最重要的就是要想辦法把生態風險降低，越珍貴的物種或棲地，我們所能冒的生態風險就越低，相對應投入較多的資源。
