2010年，政府推出「臨時工廠登記制度」，允許2008年3月14日前既存工廠，只要符合經濟部認定的低污染業別，取得環保、消安文件，即可取得「臨時工廠登記」，繼續經營至2017年6月2日，這個輔導機制在2014年修正，將7年輔導期展延2020年為止。如今，輔導期限將屆，行政院7、8月間預計針就違章工廠處理政策當中爭議較大的部分，進行討論取得共識，這次決議將決定未來違章工廠何去何從。
縣市稽查積極度與稽查效率
（接續前篇）處理違章工廠問題，除了即報即拆，依現行法律稽查也是導正違規、建立管理威信的重要工具。
違章工廠嚴重的六縣市，違章工廠稽查次數，高雄最多，彰化最少。
違建（含工廠及其他樣態）處理人力和預決算，新北最高，彰化最低。
從每年平均稽查件數和違章工廠家數來看處理積極度，新北、高雄積極，彰化消極。
從每年平均稽查件數和違建業務人力來看處理效率，台中、高雄效率高，彰化效率低。
花蓮：全台唯一資訊公開
目前，各縣市只有花蓮縣定期將非都市土地違規使用稽查情形，詳確公開在網路上，供民眾查閱。
網頁上載明每一筆違規使用的確切地號、土地分區、違規面積，更重要的是提供了違規事由和處理情形，資料之完整還包括罰鍰及限期改善日期，只少了到期後的追蹤及最新現況。民眾可清楚知道該縣市土地違規使用情形，藉此了解政府的處理績效。
除花蓮以外，多數縣市連公布統計資料還沒有做到，不僅忽視民眾知的權利，也剝奪了公民對行政運作的參與機會。（參照「花蓮縣政府非都市土地違規使用案件處理情形」查詢平台）
開發來了，生態回饋機制難產中
據彰化縣政府新聞，行政院今年五月決議，將以新訂都市計畫方式，規劃鹿港頂番婆違章工廠群聚地區成「鹿港頂番婆水五金田園生產聚落」。後續由彰化縣政府進行規劃，預計4~5年開發完成。
該地區據行政院在2017框定面積達697公頃。現況七成是農地，一成多做工業使用。農地面積為512公頃，合法工業用地面積37公頃，違章工廠（包含臨時登記工廠）有64公頃。
該地區主要是鹿鳴、鹿鳳、鹿犁、鹿昇及振興段，過往因污染受到環保署列管（含正在列管及已解除列管）的農地將近95公頃，差不多6百筆的地，佔彰化污染農地筆數20%，全國8%受污染農地也來自這個地區。每公頃改善經費若以100萬估算，政府需投入經費至少9,500萬，這還沒有算給農民的作物銷毀與停耕補助費用，以及造成食安源頭污染的風險成本。
政府為處理該區違章工廠聚集、農地污染嚴重的問題，將整區變更開發為都市土地，卻遲未提出平衡環境保護與經濟發展及公平正義的生態回饋機制。
依農委會在2017年提出的生態回饋機制計算公式：「 (工業用地單價－農業用地單價)ｘ面積＋違規年數ｘ30萬元」進行估算，以彰化水五金地區為例，假定工業用地一坪約3.5萬元，農地價格約一坪1.1萬元，500坪大小的違章工廠，違規30年應負擔2,100萬生態回饋金，違規20年應負擔1,800萬。依此類推。
對此，經濟部表示，現行機制沒有類似的回饋金計算，進行跨部會討論中，目前仍無共識。
環團：不要用食安換GDP！
30個環保團體日前發動了「違章工廠不寬待、健康留給下一代」連署，邀請民眾一齊向行政院及立法院要求，正視違章工廠造成污染農地的現實，不要用食安換GDP。
台灣農村陣線成員，也是農地違章工廠問題嚴重的彰化縣居民許文烽表示，支持農地違章工廠全面納管，但堅決反對放寬臨登的修法方向。許文烽說，合理的處理措施是將所有農地違章工廠進行納管，並且要求廠商提出具體可行的「合法轉型計畫」。
長期關注違章工廠問題，同時家住烏日、與違章工廠為鄰的地球公民基金會專員吳其融則提出借鏡鄰國日本的做法。日本政府在1965年為了處理工業污染問題，成立特殊法人公害防止事業團，輔導該年度以前設立的工廠以十年攤提方式購買或租用環工設備，同時引導違章工廠進駐工業區。吳其融表示，工業污染處理可以透過相關製程廠商群聚，順勢引導其餘廠商共同進駐，這也是民間團體始終主張優先處理中高污染工廠的原因。（系列專文完，來玩個小遊戲：你是什麼樣的工廠老闆？）
附錄：公民怎麼說？
請立刻拆除違章工廠，勿再立法保護以免有圖利廠商之嫌。
—阿放
羅馬不是一天造成的，儘管蔡總統並不是100%造成違章工廠遍地開花現況的始作俑者，但人民選出總統是希望能夠解決一 般百姓無法自救的困境，如今您登上高位、站上舞台就應該兌現對人民的承諾。做出正確的事情，或者接受歷史罵名。 一個永續的國家，不只需要經濟的獨立。國家需要人民、領土與主權，如果為了經濟就犧牲人民，最後無論哪個政黨都會發現鈔票並不能換回人民的健康與信賴。
—小黃
請小英政府整頓違章工廠，挽救沉淪汙染的土地及水，保護農產安全，這才是真的愛台灣，否則愛台灣就是選票騙術空洞口號。
—Michel
