中興大學經過16年研究，發現聖嬰及反聖嬰現象的氣候變遷，造成藻類大爆發，覆蓋海草及珊瑚礁，才是造成墾丁海洋生態惡化的原因，影響程度比颱風大。
在海草床上，研究人員標定被藻類覆蓋的密度及範圍。墾丁濱海這幾年的環境劣化，包括海洋生物及多樣性減少，珊瑚覆蓋率下降，中興大學生科系教授林幸助的研究團隊，經過長達16年的監測觀察，發現氣候變遷中的「聖嬰反聖嬰現象」，沒有天敵的藻類變成強勢物種，造成海草死亡，珊瑚覆蓋率下降。
林幸助指出，「反聖嬰的時候，我們發現它的夏天跟秋天的雨水會比較多，不管是在潮間帶的海草床，或是亞潮帶的珊瑚，它都會讓這些藻類大量生長，它就會蓋過海草，或者是珊瑚。」
研究除了解釋過去20年來，墾丁沿岸海草床與珊瑚礁生態系的劣化歷程，更驚人的發現是氣候變遷與人為污染的加乘效應。團隊先前的研究已發現人為污水可能是造成近20年來墾丁珊瑚礁劣化的主因，因為墾丁南灣每天氮營養輸入量與數百萬遊客量有顯著相關，但是在海草床與珊瑚礁的大型藻類藻華現象並非每年皆會出現。此研究進一步發現，不定期出現的反聖嬰會驅動且加劇人為污水對於墾丁海洋生態的威脅，提高危害之風險。未來若反聖嬰強度更高，更密集發生，極有可能導致沿岸海草床與珊瑚礁瓦解，這些生態系服務功能也會隨之消失。
林幸助建議，應設置污水處理系統，避免沿岸人為營養物質過量輸入到海洋，此為有關單位應重視，且可立即執行的氣候變遷調適措施，面對未來氣候變遷，反聖嬰強度或頻度持續增強時，藉此可提高台灣海洋生態系統的生態韌性，台灣海洋生態環境才得以永續。
耗時16年監測，興大生科系研究團隊的發現及調查結果，也在今年7月，發表在生物多樣性與保育領域排名第一名期刊《全球變遷生物學》（Global Change Biology）。
團隊表示，能延續超過16年並不容易，除了決心與毅力之外，經費支助是一大考驗，因為沒有一個單位願意長期（超過10年）支助同一項研究。除了科技部、墾丁國家公園管理處、教育部分別支持部分經費外，許多時候是在沒有經費的情況下自掏腰包完成的。
