台大校園另一起備受矚目的建設案，就是由日本知名建築大師伊東豐雄設計的社科院新館。台大社會科學院原位於徐州路校區，即將遷回公館校總區。為此社科院組成建築師遴選委員會，並由台大城鄉所教授林峰田等三人小組赴日洽談，邀請伊東豐雄來為社科院新館操刀。
伊東豐雄同時也是台中大都會歌劇院和高雄世運會主場館的設計師，他曾對媒體表示「在台灣的三個設計案，共同的命題是界定人跟環境及自然的關係。」但台大社科院新館的規劃案，卻引來不少爭議。
潘偉華指出，社科院新館將坐落於新聞所西側綠地的東南方，此片綠地經台大校園規劃小組指定為永久綠帶，但社科院新館的規劃案中，閱覽室將佔用到大片綠地。另外，校方也擬於施工期間開闢一條15米寬、將佔用到綠地的道路，資訊系師生反對將日後將臨時道路變更為永久道路；校園規劃小組則表示，因15米路幅是臨時道路，所以不會出現在規劃書中，但若社科院完工後，總務處不擬回復綠地，則視為「永久道路」，校規小組無權決定，只能建議提校務會議討論。
社科院新館另一備受爭議的問題是建築風格的呈現，台大雖擬定「校園規劃原則」，其中明定「校園傳統語彙包括十三溝面磚、山牆、拱門、拱窗……等，得於建築規劃時彈性運用，考慮周邊環境及色彩，創造建築本體之自明性及時代意義。」
但台大城鄉所博士班研究生鍾國輝以博理館的案例，說明「台大校園規劃原則」遇上「企業捐款」時，只供「參考」用。博理館是由台大電機系校友、廣達電腦董事長林百里所捐贈，灰色調與現代造型，因與相鄰的傳統紅磚建築截然不同，曾引發校內正反論戰。鍾國輝認為博理館也是眾多系館之一，並非特殊用途，建築物不應如此突兀，造成嚴重地視覺衝擊。
關於社科院新館，在伊東豐雄的操刀下，建築風格是否會與原本的校園風格格格不入？鍾國輝說，他尚未看到平面圖無法評論，「但不論是知名建築師或有名大企業，都應該照準則去設計。準則，是為全校師生考量、設立的。」
但校園規劃小組的城鄉所教授林峰田表示，「校園規劃原則」雖於校務發展委員會通過，但由於個案實施時，難免遇到魚與熊掌的難局，所以稱之為｢原則｣，而非絕對剛性。最後會以合議制，請各委員就全校觀點，綜合考量各項因素，作成決議，最後送請校發會認可才算數。
潘偉華根據消息指出，目前社科院新館的進度，因為已經有經費，但還不夠，所以必須減少量體、重新審查。
台文所、台大醫院公館分院 一一重建
除洞洞館和社科院外，台灣文學研究所所館和台大醫院公館院區也將面臨拆掉重建的命運。潘偉華表示，兩層樓的台文所建築，過去曾是地理系系館，在移交給台文所使用時，曾重新裝潢、翻新，如今校方卻以安全為由，認定40年以上的建築物是危樓，並將利用教育部補助的卓越經費，改建為教學大樓，預計今年暑假動工。
台文所周遭的樹木，皆在日前遭修枝、整理，其中樹圍接近2.5米的鳳凰木甚至慘遭斷根。潘偉華忿忿的表示，校方和承包工程的顧問公司，處理樹木方式不當，許多經濟價值不高的榕樹，預定移植到台大竹北校區，所費不貲。而未明定移植的樹木，可能遭顧問公司轉賣，從中賺取移植和販賣兩筆生意。
另外，鴻海集團董事長郭台銘去年9月宣佈捐款160億給台大，成立癌症醫學中心，也成為媒體大篇幅報導的焦點。癌症醫學中心預計在台大醫院公館院區重建，並擴編病床數為原來的兩倍大。這是全球有史以來，單一企業對醫學院最大的一筆捐贈，企業與校方將在近期內簽約。
面對企業鉅額捐款，要求興建新大樓，校方是否應該照單全收？潘偉華引用暨南大學教育學院院長張鈿富的話：「『公平』是邁向卓越的要素之一」。她認為台大是台灣首屈一指的大學，應自詡做社會上的典範，「濟弱扶傾是強者應有的態度」，台大若能放棄所謂的五年五百億，拒絕企業主巨額的捐款，才可能成為真正卓越的大學。
