環保署一邊將中科三期環評審查責任歸咎前朝，卻又一邊捍衛現有環評體制決定機制，不肯正視法院判決指出的體制問題進而檢討改進，環境行動網秘書長林仁惠指出，這是因為當今環保署正使用與前朝同樣的手段審查今日的中科四期、國光石化、六輕五期等重大開發案。
2009年10月底通過環評大會的中科四期案，充滿了選址、水資源分配、農業污染疑慮、海岸生態衝擊等等爭議，嚴重性與中科三期相比有過之而無不及，卻也未進二階環評即有條件通過，還同樣傳出行政高層施壓，與官方代表壓倒專業意見的多數決暴力。目前中科四期也正進行行政訴訟。林仁惠呼籲政府應以中科三期為鑑，切勿重蹈覆轍。
林仁惠也提醒，在中科三期的爭議中，環保署其實只是配角。真正該仔細檢討的主角，是主導推動科學園區、擬定國家產業方向的國科會與經建會。中科三期環評撤 銷判決其實不單點出環評制度的缺失，更是提醒政府，應該回頭檢討高科技產業成本外部化帶來國土資源浩劫、人民健康傷害等重大問題，審視在全球氣候變遷、糧 食危機日顯的世界趨勢下，重新擬定台灣產業發展的未來方向。
檢討高科技產業風險外部化現象
林仁惠指出，台灣政府引以為傲、大力推動的高科技產業，其實是該說是高科技的「製造代工」業。高科技產業演變速度極快，短短十年左右，友達面版便可從竹科3.5代廠晉升到中科8.5代廠，未來更可能在中科四期推動10代廠，變化速度遠遠將台灣現有環境法規拋在腦後。但廠商常以「商業機密」為由拒絕提供製程中使用的化學物質清單，導致環評審查使用的風險資訊不全，做出被法院判決撤銷的中科三期環評。
她表示，台灣高科技產業極度依賴政府補助，政府為產業徵地、找水更是不遺餘力。然而在選址過程中，開發單位為求降低成本快速開發，往往只重土地取得是否容易，缺乏整體國土規劃的遠見，屢屢輕視對環境、資源分配造成的嚴重衝擊。
而在高科技產業的低利潤經營模式下，廠商也鮮少願意為保護環境而提高製程成本，僅求符合有限的當地法規而非國際法規。
台大職業醫學與工業衛生研究所副教授吳焜裕也表示，一階環評書面審查時，開發單位往往僅就環評要求的面向做環境評估，但鮮少著墨未被規定、實質上卻可能造成更大衝擊的其他面向。開發單位委託的風險評估公司向來以通過環評做為績效，在追求績效的考量下，保護環境生態不受污染威脅的宗旨便可能無法伸張。
然而一旦傳出污染，賺錢的企業老闆以及分紅利的大股東遠在天邊沒有風險，承擔風險的卻常是在地居民、農民，吳焜裕批評並不符合污染者負責的公平正義原則。
林仁惠更指出，沒有分到什麼紅利的居民與環團資源十分有限，但現行法規卻規定由弱勢的環境受害者進行科學舉證的責任，對抗權大勢大的環境加害者。為了環境倡議的公平正義，她認為應由政府提出基金，讓弱勢的當地居民與環團有能力與開發單位同時進行對等、並行的環境評估，與開發單位的版本對照討論。
台北律師公會環境委員會主委林加三律師也附和，若民眾參與討論的權力被忽視，事後的爭議與抗爭自然很多。而這也是中科三期環評撤銷判決，帶給政府、廠商與社會大眾的另一種省思。
