蘇花改工程今年元月已經陸續動工，但環保團體批評交通部瞞天過海。因為蘇花改中的仁水隧道路段經過太魯閣國家公園「特別景觀區」及「自然保護區」，全案理應依法先送內政部「國家公園委員會」審議核准之後始得動工；交通部卻讓部分路段先行動工後再送審議，不但有嚴重行政瑕疵，甚至是公然違法。公路總局則表示，進入國家公園區的路段才須送審，其他部分先行動工並無不法。
蘇花改環評書中說明，和仁至清水段公路（仁水隧道）長約3.3公里，行經太魯閣國家公園特別景觀區、清水斷崖自然保護區；這個路段擁有極為珍貴的動植物如清水圓柏、白鼻心、台灣獼猴、長鬃山羊，及約50種珍貴鳥類等。
環保團體表示，和仁還有低海拔闊葉林永久樣區，若毀於蘇花改工程，將是國土復育重大損失。
環境律師詹順貴表示，單一開發行為一旦切割處理，未來國家公園委員會審查若未通過，路線也難以修改，等於以既成事實，強要環評同意仁水隧道。公路總局明顯違反環評作業準則「限制開發利用區域，應取得有關主管機關同意」規定。
台灣生態工法發展基金會董事長賀陳旦表示，除將重大工程切割送審的程序瑕疵外，環境監督小組17名成員中，僅有兩名民間團體代表，根本難以監督。
對於環保團體質疑，公路總局蘇花改工程處長邵厚潔表示，蘇花改工程共分9個土建標，只有「仁水隧道」標案經過國家公園，已報請國家公園委員會審查。另外8個土建標可先陸續動工，南澳至和平西橋標案1.5公里已於1月動工，9月底還有2個土建標要動工。
營建署國家公園組也證實，1週前，收到太魯閣國家公園的呈文並於15日回覆，要求太魯閣國家公園處再次進行查核。營建署副署長許文龍指出，蘇花改分標發包，最後是否能順利完工，重點還是在環評，營建署只是配合審查單位。
花蓮縣長傅崐萁昨天說，蘇花改是經院院會通過決議的工程，位階高於內政部任何行政命令，有何違法之虞？蘇花改儘速動工並完工，才是花蓮縣民真正需要的。
花蓮縣議會議長楊文值說，蘇花公路改善工程好不容易有「部分動工」的進度，既然牽涉國家公園的那一標還沒動工，其他先行動工又如何？
