《自由經濟示範區特別條例》草案在2013年12月通過行政院審議，多項條例賦予園區內業者使用包括中國830項管制品的全球原料，不但出口免關稅，且全將掛上MIT品牌內外銷。反對者認為自經區不應只著眼於「開放」的經濟價值，台灣農業需要的是扶植和保護，無區別標示的使用中國農產品原料將影響食品安全和台灣品牌價值，自經區未處理農村貧富不均的問題，還可能造成農村凋零和產業空洞化。
台大農經系系主任吳榮杰表示，農業加值使得原本管制的中國830項農產品一次到位零關稅；在自經區使用從國外進口農產品加工的廠商，可享免購物稅、營利稅的優惠，相對的是對使用國內農作物加工出口、內銷業者的懲罰。國產大豆價格無法與進口大豆競爭，就該朝種植非基改、有機的大豆發展，區隔出市場、創造農業的價值，例如糧食安全、生態保育、文化、景觀等。
中興大學應用經濟學系特聘教授陳吉仲指出，台灣和日、韓等國農業條件相似之處，皆為農業生產成本高，糧食自給率低，因此日、韓在與美國雙邊談判上，都針對「敏感農產品」不開放或關稅設限。
2014年《自由經濟示範區條例》因有關農業產值、土地徵收等爭議未能完成立法，但2015年開年農委會已先行編列算，要推動自經區農業加值。立法院經濟委員會審查農委會預算時，決議全數凍結，等《自經區條例》通過始可動支。
農委會主委陳保基認為讓有競爭力的原料在區內加工外銷，是對台灣農業自由化一個避險的重要措施。技術加值和產業化後可使農業範圍擴大，不再以耕作、或初級產品為主，提升農民收入。他接受沃草訪問時對於是否再舉辦公聽會不予置評，但感嘆，「他們（在野黨）逢自經區必反，就是不願意總統馬英九成就任何事！」
對於是否受影響許多擅長加工的農企業意見不一。從事有機梅子、生薑加工的農民李清亮說，農產加工有規模之分，自己的公司規模大約只有50公頃，但一個進口貨櫃就有20噸，公司根本吃不下這些量，開放自經區差別不大。不過他認為，有些業者確實會選擇比較便宜的原料加工，台灣小農生產成本較高，或許有可能受到衝擊。
