2006年的全國NGOs環境會議，6月3日在台中靜宜大學舉行。這是會議首次移師至中部舉辦。除了象徵走出台北中心的思維，更是著眼於未來湖山水庫、八輕、台塑大煉鋼廠、1400億治水條例，都是集中在中台灣。今年會議規模也不若去年盛大，僅有環保署長代表出席。在一天的討論後，會議確認反對「行政院版的萬里步道、千里自行車道」；全國環保團體支持台灣生態學舉辦的「環境苦行」，並且支持環保人士投入選舉活動。
會議在合唱團優美的歌聲中揭開序幕。「半夜水黑黑，咱的心也會黑黑，一條一條溪攏親像新像一條一條的命體」溫柔而有力的台語歌聲，唱出環保人士對台灣土地的心痛。台灣生態學會理事長鐘丁茂致詞時，呼籲國人重視荒野的內在價值，荒野既是人類生命的起源，也是人類文化的根源，我們怎能對荒野予取予求？他強烈要求「荒野零損失」。
原訂因應總統出席而計畫舉行的「五大不永續議題票選」，也因總統不克出席而取消。大會的主題演講由靜宜大學生態系教授陳玉峰，以「在地扎根‧永續未來」為題，發表演說。陳玉峰以年近半百的心情，回顧過往，自問為何環保人士最後只能變成「殉道者」？但他也積極的提出，未來環保運動應該具備「生態創意」與「強化運動廣度」。他以台灣各種文化現象為例，質問環保生態人士，究竟要「賣」給現在人何種「夢幻與理想」？台灣生態環保界，始終沒有人願意切入商業經營管理，以致於沒有「唯大利是從」的人才？而在「在地扎根」上，他以靜宜生態所的創建理念強調，環保運動者應有學術研究的內涵，而不要受制於形式束縛。在教育的過程中，創造在地實踐。
話鋒一轉，他表示13冊《台灣自然史》的最後3冊，將可以在2007年完成。之後，他將火力全開，轉戰媒體，為環境運動取得發言平台。面對公共事務的混亂，他認為政治人物的專業在於，道德、慈悲、公義與智慧，而這正是環保人士所具備的；切入政治，也就不可避免了。最後，他邀請與會者共同支持6月26日開始的「環境苦行」，更期待總統也能一起行走一小段。
環保署長張國龍致詞時，除了讚揚NGOs是台灣社會的防腐劑，並且再次肯定4月時的國家永續會議，真正做到由下而上的決策方式，也因而給接下來的經濟永續會議很大的壓力。對於濱南案，他除了自陳依法不得不公告的痛苦外，也表示這個案子已進入行政訴訟的程序，不必過於悲觀。
接下來的綜合討論中，各團體紛紛提出自己關心的議題。如環保運動老前輩方儉，提出鹿港反杜邦20週年的回顧；高雄三民愛鄉聯盟，表示他們想抗爭卻缺乏資訊；綠黨的徐文彥，指出政府徵收燃料費用來興建道路的荒謬；環保聯盟學生隊要求重新評估坪林交流道等等，需要討論的議題甚多。荒野保護協會秘書長張宏林，則表示儘管過去環保人士參與選舉的結果，都得面對票數稀少的難堪，但他正慎重考慮參與年底市議員的選舉。
在最後的綜合討論中，鐘丁茂對行政院推動的「萬里步道、千里自行車道」表示非常擔憂，他並不反對黃武雄當初的提議構想，但政府介入此事卻可能是一場災難的開始。這項提議，也獲得與會者的同意。
一天的議程，很快就到了尾聲。如同以往類似的會議，環保團體互吐苦水，尋求幫助的成分具多，而少能達成一致性的共同行動方案。接下來長達54天的「環境苦行」成功與否，或許正是個試金石。
