山東小清河的污染治理起步並不算晚，已走過20多年的整治歷程，但至今仍難見效。小清河是人工開挖的河流，缺少客水補充、流域降水量小、自淨能力差是治理的先天不利條件。就支流補水來講，小清河流域有大小支流150多條，但各支流上游山區共建了100多座水庫，截斷了支流補水來源。
對小清河產生污染的主要行業為造紙、化工等行業。據統計，造紙、化工企業COD排放量佔了流域排放量的67%，氨氮排放量佔了88.7%。且沿河污水處理設施建設卻進展緩慢，不少已建的污水處理廠，或出於運行成本考慮，或因為管網不配套，運轉率很低甚至不運轉。在已建成的15座污水處理廠中，只有8座滿負荷運轉率達到了75%以上，流域內城市生活污水處理率僅為63.6%，近40%的污水沒有得到有效處理，直接排入河流水體中。