最近報載有許多學者專家倡議將綠島劃為國家公園，相關單位已積極研擬其可行性，倘若順利推展，這將是我國繼東沙國家公園計畫案後，再次將國家公園的體制推廣運用於海洋保護區的個案，在國內域內（現地）保育上有重要的意義。
首先是，過去保護區的劃設皆著重在陸域，水域的部分其水生環境監測不易，須投入人力於巡護與經營管理，還有就是會涉及漁業與觀光活動的管制。因此，政府在劃設保護區時，為避免困擾，對水域、海域的部分，常是敬謝不敏。也有部分保護區初劃設時曾涵蓋內陸河段、部分海岸、海潮線外的水域或珊瑚礁。後來歷經時日，不是妥協於交通或其他建設發展而自我限縮；缺乏人力經費支援而忽視不見，甚至悄悄改變範圍；再不然就是，在強大的地方政治壓力下，放縱地方水上的經濟活動。綠島國家公園之議，象徵政府對水域與海洋保育事務的重視與支持，願意提升相關專業人力、物力與財務，及相關的執法能力，值得肯定與喝采。
再者，綠島係東部海岸的旅遊勝地，跟東沙國家公園位處遙遠的疆界邊緣，地緣政治的影響降到最低的情形不同，其既具歷史事件的社會文化資源，又有豐富的海陸自然資源，每年有眾多遊客造訪(旺季期間單月最多直逼七萬人)，地方產業積極且活躍。目前，也劃歸在東海岸國家風景特定區的範圍內。但也由於觀光產業的興盛，海洋與陸地的自然資源卻日漸消減：如環島道路日夜不歇的服務，截斷椰子蟹等動物的季節性移動與繁殖行為；在地海鮮餐的供不應求，鼓勵沿岸珊瑚礁水生生物的捕撈作業，相關動植物的群聚與個體的大小，皆受到直接且嚴重的影響；近年崛起的浮潛活動，頗受到觀光客的歡迎，卻也造成沿岸珊瑚礁的縮減。這些凸顯的是綠島以觀光為主的資源與發展的特點與挑戰。我們肯定東海岸國家風景特定區管理處成立後的成就與作為，然劃設國家公園之議其實也意謂，過去近十年間，政府在臺灣各地成立了許多國家風景特定區管理處，偏重觀光遊憩發展的政策，需要有所調整，以能在兩者之間取得適當的平衡。
第三是在行政院組織重整的架構裡，初擬合併包括林務、水土保持、水利、國家公園與部分觀光等自然資源經營管理單位。可是，由於保育單位原即屬新興的部門，在人數與政治力懸殊的情況下，未來的層級與編制受到相當的抑制，勢將嚴重衝擊相關生物多樣性保育工作的推展。在現有相關機關任務調整不順，保育單位的經費預算與人力資源，無法與業務量的成長相映合下，國家公園藉發展海洋保護區，調整本身的體制、體質與能力，擴展其在國土保育上的位置與功能，對已低迷多時的保育氣氛，實是注入一劑強心針。
另外，針對綠島國家公園的芻議與籌備，個人也提出幾點期盼與建議：一則是國家公園除少數個案與區域外，傳統上多以公有土地為依歸，憑藉公權力與專業的進入，來進行規劃與經營管理的作業。然綠島陸地與海域有相當程度的人為活動，國家公園規劃及經營管理作業與地方及在地社區的互動頻仍，國家公園宜發展更寬廣、深入、更具創意的參與機制，以爭取地方與在地社區的支持與參與，共構一個可持續發展的未來。第二是國家公園可以藉綠島國家公園的規劃與發展，重新思考體制編制的適當性，除增加與在地社區互動的部門，還有導入海洋保育的相關技能與操作機制外，需要強化課室間的分工與橫向連結。當生物多樣性保育是為國家公園的關鍵元素與主要任務之一，傳統的事務分工常忽略保育的本質，多造成顧此失彼的狀況。第三是國內絕大多數的保護區，都僅在劃設成立之初進行過資源的調查，卻缺乏持續的資源掌控與監測，致使後續的經營管理失去正當性的基礎，也造成經營管理效能的評估作業無法進行。陸域的保護區，由於空間與基質的特質，尚能有部分的隔離與緩衝效果。水域或海洋的保護區，由於基質的流動性與媒質的交換性強，一旦有狀況發生，往往讓人措手不及。因此，資源的調查瞭解、監測與掌控，在以水域或海洋為主的保護區經營管理上扮演的角色，尤為關鍵。
最後，許多保育人士聽聞政府考量劃設綠島國家公園之際，就不免憶起被凍結的蘭嶼國家公園計畫。看到蘭嶼現在的狀況，屢屢有人嘆息當年未能推行蘭嶼國家公園芻議。約廿年後的今天，國家公園已不再是以前保護至上的典範，國際保護區經營管理的發展也提供許多與原住民族發展、觀光旅遊活動、在地社區互動參與的個案經驗。多元的思維與整體的考量漸成為保護區規劃的主流。看到綠島國家公園的議題，我們感受到一股提升，彷彿重新再燃起的火炬，照亮了眼前可持續發展的道路。期盼這除了是一座嶄新的國家公園外，也能帶動起另一波保育的風潮。
