台大動物科技研究所的師生們拿著針筒、手術刀，走進了台東種畜繁殖場。一個奇異的計畫將開始進行……
台大動科所的助理教授朱有田，人稱「小朱」，他的專長是研究生命本質的「分子生物學」。在醫院裡，醫生靠DNA來鑑定人們的親子關係，但小朱老師卻是替蘭嶼豬抽血檢測DNA，幫這些蘭嶼小耳豬鑑定親緣關係。這些看起來不起眼的蘭嶼小耳豬，有什麼了不起的身世，又蘊藏了什麼樣的秘密，讓這些台大的師生們，願意廢寢忘食地研究牠們的基因呢？
豬很笨嗎？豬只是一種食物來源嗎？認識蘭嶼豬，將顛覆你對豬的刻板印象。
在外面玩了一整天，一聽到呂媽媽的叫聲，聰明的小豬就知道該回家了。因為吃飯的時間到囉！
如果讓豬來票選全世界最幸福的地方，那麼蘭嶼一定是所有的豬心目中的天堂。在這裡小豬們可以自由自在的到處亂跑，每一隻豬都認識自己的主人，每個主人也都認識自己的豬。對蘭嶼人來說，豬就是家庭裡的一份子。走在蘭嶼常常可以看到老人們坐在涼亭上休息，而涼庭底下就是一窩小豬。
2005年2月，朱有田老師帶著學生來到蘭嶼進行田野調查，在蘭嶼人與豬合諧共存的景象，讓他印象深刻。從蘭嶼回來之後，朱有田就一頭栽進了這個「豬頭豬腦」的世界，開始進行蘭嶼豬的基因研究。他發現蘭嶼本地的小耳豬，有很大一部分已經受到外來種豬的汙染，跟外來山豬、肉豬雜交的情形比比皆是，不僅外觀上有很大的改變，體內的基因也受到混雜。如今在蘭嶼真正純種的小耳豬少之又少，只有台東種畜繁殖場還保有最純粹的30幾頭小耳豬。
時光回溯到1975，當時台大畜牧系為了尋找實驗用的小型豬，發動了很多師生踏遍台灣全島尋找本土的小型豬，到最後終於在蘭嶼找到理想的小型豬種。1980年，農委會著手進行「迷你豬採種計畫」，從蘭嶼引進了4公16母的小耳豬，經過20多年的繁衍，終於培育出許多可以作為醫學實驗用的小耳豬後代。經過十多年的近親交配，原本是黑色的蘭嶼小耳豬，產生各種毛色的變異，現在培育了花斑、純白的後代，這些新的品種或許更符合實驗需要，但是長久以來的近親交配，讓這個僅存的純種族群面臨衰退的危機。
在商業利益的考量下，台灣不斷引進成長速度快、換肉率高的洋種豬，而台灣原生的豬種，就在不具市場競爭力的情況下慘遭淘汰。這樣的情況不僅發生在小耳豬身上，本土的桃園豬也同樣面臨滅絕的命運。
為了更有效率地保育小耳豬，在最少的族群數量內保留最豐富的基因，台東種畜繁殖場尋求朱有田的幫忙，希望能分析出保種場內每一隻小耳豬的基因狀況。朱有田對蘭嶼豬的DNA研究有了令人驚訝的發現，原來在蘭嶼豬的身上有一系列古老的基因，這在全世界的豬種中是獨一無二的，牠有可能是亞洲豬種的祖先。當牠的基因跟世界各地其他豬隻的基因對照，彷彿呈現出一個古老的人類遷徙圖像---想像在上一次的冰河時期，蘭嶼豬跟著史前人類，從非洲、經過中南半島到台灣，再往北到中國大陸，後來有往南到日本、大洋洲。當冰河退去，蘭嶼小耳豬在孤立的島嶼上繁衍至今……
蘭嶼小耳豬的基因研究就像是活化石的解謎一般，開啟了生物考古的一扇窗。而蘭嶼人與豬文化上的關係，則是人類學著迷的題材。豬是蘭嶼人最重視的財富，也是社會地會的象徵，蘭嶼人對豬總有著一份特殊的情感。
對於都市人來說，豬不過是一種食物的來源，很多人不知道，豬其實是在靈長類之外，跟人最相近的一種動物。或許有一天，當小耳豬在醫學上被普遍應用，人們體內帶著被移植的豬心或豬肝時，大家才赫然發現，原來人與豬還真的是很相似啊……
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