全台約有6.9萬座違章工廠中，部分工廠還占用農地，農委會拋出新解套辦法，研擬以去年5月20日畫紅線切割，此後的農地違章工廠採即報即拆，此前的違章工廠，則視其是否建於優良農地，屬優良農地就輔導搬遷，非優良農地則可繳補償金額換取合法。
農委會副主委陳吉仲指出，農地出現工廠會有污染問題，進而影響生產品質，時間畫設在去年5月20日新政府上任的時間點，是為了展現對執政負責，從去年到現在，光彰化地區就多了130幾家農地違章工廠，如果能都拆除，相信不會再有人敢占用農地，未來也會訂吹哨者條款，開放民眾或公民團體檢舉占用農地的違章工廠，工廠問題解決了，下一步就要處理違規農舍。
農委會企劃處長蔡昇甫表示，依照國內人口所需的熱量計算，國內至少要有74萬至81萬公頃的耕地面積來維持糧食供給安全，為確保農地農用，包括經濟部、內政部和農委會，都相當支持去年520後新增的違章工廠要即報即拆，由地方政府依違章建築相關法規處理，且若有違章工廠占用到優良農地，一定會輔導使其搬遷，相信其他工業區仍有空間可容納這些遷出的業者。
蔡昇甫指出，520前的違規工廠可能在地已久，還有工廠已對當地土地造成汙染危害，所以就算要求這些工廠搬遷，遺留下來的土地恐怕也難恢復農用，因此，才會考慮在確保糧食安全所需的農地面積前提下，使其合法，畫設一個園區，並要求這些業者遵守消防、環保等規定。
蔡昇甫表示，雖然研擬讓農地變更成工業地，不過業者必須付出相當的補償費用，補償費用是依地目變更前後的地價差，以及占用時間，還有對整體生態的影響等原則做計算，以彰化北部某個2公頃的違章工廠為例，該工廠占用農地30年，估算最起碼要繳納1.5億元的金額換取合法，這筆錢則會放到保護農地的基金使用，但最後的計算公式仍要跨部會討論才能確定。
蔡昇甫指出，預計7月會有最新的農地盤查結果出爐，釐清究竟國內現在還有多少農地可實際從事農業，依過去調查結果，實際農用的農地面積約70萬公頃。
