繼苗栗飛牛牧場確診第一例秋行軍蟲幼蟲之後，宜蘭及嘉義的二個案例，也確診為秋行軍蟲幼蟲，12日下午已經銷毀；截至12日為止，還有七例疑似秋行軍蟲的通報，分別來自嘉義、雲林、宜蘭。農委會啟動中央及地方的緊急防疫措施，因為現在還沒捕抓到成蟲，農委會推測現在在台灣出現的秋行軍蟲還是第一代，還是有機會撲滅牠，從已抓到的秋行軍蟲蟲齡觀察，未來十天是關鍵期，只要在牠們變成成蟲之前剿滅牠，就能阻絕秋行軍蟲在台灣繁衍。
農委會主委陳吉仲表示，目前發現的秋行軍蟲尚屬第一代幼蟲，要把握這2、3週的黃金防疫期，針對出現疫情的農地劃定為疫區，對農作物進行焚燒銷毀，儘速殲滅秋行軍蟲，不讓牠長成成蟲，周遭農田也會進行監視，發現秋行軍蟲的農地也必須禁止耕種3個月。銷毀農作物會造成農民損失，但農民不必擔心，政府會提供2筆補償：作物銷毀補償及休耕3個月的補償，其中休耕補償每公頃4萬5000元。
另外，為鼓勵農民主動巡田，包括一般民眾在內，透過防檢局提供的通報管道，成功鑑別為秋行軍蟲，就能獲得1萬元的獎金，但限定必須在農地裡發現並通報的案例。通報秋行軍蟲的方式包括：農業天然災害即時回報系統APP、防疫專線0800-039-131、防疫小尖兵臉書、防檢局line@，均可通報。
目前沒有秋行軍蟲通報專用APP，農委會是修改了原有的APP，開放通報秋行軍蟲的功能，下載安卓或iOS系統的「農業天然災害即時回報系統APP」，民眾如果在田間及植株上發現疑似秋行軍蟲，可立即拍照上傳，APP還會自動上傳位置資訊，讓防檢局可加快判斷。農委會副主委陳駿季表示，下載這個APP的關鍵字是「農作物天然災害即時回報」，因為改軟體要重新上架須經審查，緩不濟急，因此在原有的APP上加掛通報功能。
陳駿季說，這個APP的最大特點是，照片會附GPS位置，工作人員後台就可以看到，點開照片之後認為很可疑的話，就會派員現勘，同時也能協助工作人員看出秋行軍蟲的熱點。另外，AI在判定秋行軍蟲也發揮協助作用，陳駿季說，如果那新增的7例通報案件，確定是秋行軍蟲的話，未來可能不等DNA檢測確診，以外觀鑑定為原則，如果外觀判定是，就立即啟動移動管制及銷毀。
目前已確診的三例秋行軍蟲都是在玉米上發現的，尚未在水稻田發現秋行軍蟲蹤跡。秋行軍蟲危害主要的寄主植物有：玉米、水稻及高粱、棉花、十字花科、葫蘆科、茄科等經濟作物，但農委會農試所研究相關昆蟲的專家表示，水稻不用太擔心，因為台灣的水稻種植於不同階段會有淹水處理，土壤淹水的話，對秋行軍蟲的繁殖阻力很大，推估對水稻不會造成太大的問題。
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