「愛台十二建設」是馬英九解決國內經濟問題，提高內需市場與就業率的主要經濟政策之一，而謝長廷則對此提出強烈質疑，認為現階段百物飛漲的台灣，無法靠基礎建設來振興經濟，「愛台十二建設」只會債留台灣。雙方態度大不同，但都以經濟的觀點，來看待這盤「牛肉」。
其實，政策上表明，「重視永續發展」是規劃12項基礎建設的五大基本理念之一；然而，若以生態環境的角度，細究其內容，不難看出許多破綻和疑點。不禁令人搖頭納悶，究竟是「愛台十二建設」還是「害台十二建設」？
疑點一、綠色交通vs.道路建設
愛台十二建設中的「全島便捷通網」，提出5項子計畫，前4項是大眾運輸工具，包括鐵路和捷運，而最後1項卻是「高速公路與快速道路系統整合」，現在許多爭議的道路工程，包括：剛通過環差分析的蘇花高、西濱快速道路員林大排到西濱大橋路段、以及特二號快速道路板橋段等等，其所衝擊的生態環境，遠大於道路系統整合所帶來的便利。
另外，馬英九過去在「青春鐵馬行」提出「綠色交通政策」，步行、騎自行車和搭乘公共運輸系統，才是最「綠」、最節能的交通方式，但在此卻不見自行車道與人行步道的規劃設計。再者，便捷帶來快速，快速意味著某種程度的失去，「如果我們住的地方已經夠好了，還需要這麼多的道路，帶我們到哪裡去？」
疑點二、發展東部深層海水產業？
深層海水的開發早在經濟部主導下，如火如荼的進行，但壹週刊在去年9月踢爆「深層海水是場騙局」後，對於深層海水的定義，至今仍未釐清。台灣蠻野心足生態協會秘書長林子淩表示「台灣沿海並無溫鹽環流經過」是關鍵所在，但經濟部水利署署長陳伸賢表示，只要水深超過200公尺以下的海水，都是深層海水。
暫且撇開深層海水真偽問題，地表和地底的水被污染殆盡後，業者將「水」被包裝成高價的商品販賣，而引發更多的環境問題，當全球許多地方都在發起抵制瓶裝水運動，馬英九卻把發展深層海水、設置深層海水產業發展園區作為花東產業中重要的一環，實在過於草率，如此未經審慎評估與瞭解，容易淪為「騙局」的共犯。
疑點三、都市/工業區更新 誰受益？
都市更新議題近日因民進黨政府欲成立「台灣都市更新公司」而備受關注，馬英九批綠營在卸任前成立多家公司掏空國產。但不只中央，台北市長郝龍斌也在去年底宣佈，由市府出資40%與民間結合成立都市更新開發公司。為人詬病的地方在於，公股低於50%不必受監督，但卻擁有公權力容易濫權，侵害民眾權益。
都市計畫是解決當地需求及問題的其中一種方式，不應該做為表達政績的一種工具。馬英九在提出北、中、南部、老舊工業區以及高鐵新站、車站特定區等幾個地點的更新與開發計畫時，是否更應該回過頭思考都市更新的精神，並重新檢討都市更新所產生的弊端。
疑點五、發展觀光＝海岸新生？
十二建設其中一項是海岸新生，但具體的作法是「定期清除全台漁港淤沙，改造傳統漁港為兼具漁業及休閒觀光知現代化漁港，並鬆綁沿海遊艇觀光限制」以及「國際招商開發沿海景點，建設海岸生活與旅遊區；發展郵輪觀光，推動高雄港、基隆港、花蓮港納入國際郵輪航線；檢討保安林，解編無國家安全或生態顧慮者，以活化沿海土地利用」
海岸新生為讓漁村透過觀光產業的開發重新展現生命力，找回大量流失的漁村人口，一方面改善漁村所面臨的困境，另一方面也把台灣的文化傳承下去。但在12建設中只提及建設與觀光，卻未談到海岸的整體規劃與方向，不禁令人為台灣的海岸捏一把冷汗。
疑點六、綠色造林vs.建設森林遊樂區
馬英九提「8年內在平地造林6萬公頃，每公頃每年補助12萬元」，而日前行政院已通過農委會提出的綠海計畫，預計在未來5年內投入新台幣71億元，在台灣的平地造林2萬公頃，希望減緩二氧化碳的排放速度。
但單靠平地造林，真的可以解決台灣的二氧化碳排放問題嗎？台塑大煉鋼廠一年排放1450萬噸的二氧化碳，要種4、50萬公頃的樹才夠。另外，只推動平地造林，而目前縱容利益團體濫墾、濫建的山地，才是更需要水土保持的地區。此外，「在中南部建設3個1千公頃的大型平地森林遊樂區」又是另一個無釐頭的政策，應是馬英九在中南部開出的支票，更應該說清楚、講明白。
疑點七、增加防洪治水預算？
「全面檢討8年1160億防洪治水計畫，加強執行與考評，必要時得增加經費」，2006年1月立法院通過「水患治理特別條例」之治水預算，並加碼至新台1400多億，引發外界強烈質疑，認為是假治水之名，行政治分贓之實。
治水預算通過至今2年，第一階段300多億經費花用殆盡，開始邁入第二階段的治水工程。然而，預算編列的缺失，以及配套的治水計畫及環境評估，更應該重新通盤檢討，而非急著增加預算，做為競選支票。
疑點八、消失的能源建設
其中，更令人不解的是，能源建設竟然在此缺席了！為因應油價高漲的能源危機，以及力行節能減碳，除了綠色造林之外，更應該重視台灣的自然能源開發。而再生能源的開發利用，未來勢必成為經濟產業中重要的一環，卻未列在馬英九的愛台十二建設中。
