延續濕地保存的運動，民間保育組織在濕地經營管理上，更加受到各界的期待。但是，濕地保育工作所需面對的問題十分複雜，大至全球氣候變遷，氣候暖化引發海平面上升所產生的變化，外來種的入侵…等，小至地層下陷，或是個人填平居家水池等小區域的影響，這些外在因素都不是保育組織單獨能夠應對。但是，面對越來越複雜的濕地保育工作，民間保育組織提昇自身的經營管理能力，越發顯的重要。尤其是面對未來區域性整合的濕地保育工作，如台灣濕地保育軸的推動，跨組織間的合作將更為重要，都有待相關單位、學者、民間組織等及早因應準備。
外在的自然或人為的環境問題
1.地主、社區居民以及遊客的配合度有待提昇
許多溼地雖然已編成保護區，但仍可能因為經費不足而未有良好的管理，其中的例子包含了雲林的鰲股溼地；也可能因為遊客壓力或地主無法合作而使棲地物種受到干擾，最明顯的例子是屏東縣的南仁湖、花蓮鯉魚潭等。而近來相當引人注意的宜蘭縣雙連埤，雖然在縣府夫人田女士的努力下已經說服議會同意編列預算徵收，但是宜蘭52甲濕地卻因緊鄰冬山河風景區，即使曾進入到野生動物保護區的規劃程序中，仍遭到地主立委的干擾而停滯多年。
除了保育組織、政府單位以及地主外，社區居民與社區營造組織也是溼地保育中的重要角色。鯉魚池南岸有一個池南未來村組織在積極參與，而同屬於花蓮縣的馬太鞍溼地，則為原住民阿美族的傳統領域，目前雖有社造組織進入擔任解說工作，但該區正面臨溼地植物被強行更換成蓮花植物以及溼地淤塞的問題。
2.溼地縮小與碎裂、棲地污染、外來種入侵
如果從土地地景結構來看近年來溼地的保育問題，則最主要的問題是台灣西南部受西濱道路切割與台灣沿海鹽田土地荒廢與陸化有直接的關係。此外，例如台南等縣市計劃利用沿海濕地設置國際機場以及其他的開發案，都將造成原來大面積的海岸溼地縮小、碎裂化、失去連結。
水鳥的食物來源受到污染，外來生物入侵，以及人畜共同感染疾病如SARS、禽流感…等，可能藉由獸類、雁鴨等野生動物的利用或遷徙，而引發新的保育與疫病的衝突，都是未來濕地保育所應關注的課題。
3.全球氣候變遷下，氣候暖化造成海平面上升所產生的變化
海岸濕地受到海平面上升的影響最大，尤其是對於一些小面積的海島，衝擊最大。因為可用的土地面積將明顯的減少，而且會引發一連串土地利用與居住環境的變化。根據資料顯示，氣候變遷跨政府小組（IPCC）預測，本世紀氣溫將會升高1.4度到5.8度，海平面將上升0.1公尺到0.9公尺。根據看守台灣協會所提供的資料顯示，如果海平面上升1公尺，將危及台灣50萬人和1,246平方公里的地區，台南縣、雲林縣、嘉義縣等西南沿海低漥地區將成為危險地帶，而紅樹林、黑面琵鷺、綠蠵龜也將岌岌可危。雖然，最近幾年政府和環保團體投注大量的心力，改變這些生態系成為公園或保護區。若不能抑制氣溫升高，所有的努力都將白費。政府與民間團體如能預備海平面上升後所引發的問題，與因應的策略，或許是另一個較務實的態度。
因應未來所需提昇的組織效能與伙伴關係
1.除了專業的保育技能外，組織經營管理能力將更為重要
台灣各地的溼地保育組織不僅在規模、組成人數、領導性格上不同，在各地政經權力核心結構中的地位也很不同。但是，一個有效能的溼地保護組織，除了有能力去調查、維護、管理溼地的環境品質，更必須能夠花費時間在經營與建構綿密的資源體系來讓合作的潛力可以延續與強化。因此，如何協助保育組織建立公信力與民意基礎，擁有足夠的動員能力及議題倡導與遊說的能力，掌握與提供充分的資訊，並與相關政府單位建立互動的關係，形成綿密的合作網絡，方能有效的在濕地保育的工作上扮演關鍵的角色。
2.透過環境議題的策略合作，有助於緊密伙伴關係的建立
從組織生態的結構角度來看，議題比較單純的區域通常只有一個組織在全力經營。但有些爭議性大的，經過長期抗爭才得以保護下來的區域，經常可以看到複雜的結構困境。過程中好像許多屬性、目標、立場與專業能力都相近的保育團體如雨後春筍般的冒出來，好像隱喻著該區域有許多生態棲位，可以同時讓很多不同的團體生存、競爭或合作。事實上，大家對區域保育的願景是相同的，僅在追尋公眾利益與達成策略的手段相互衝突而已，但卻花費資源相互對立、制肋、批判與攻擊上，而讓所欲之事不能成就。表面上，保育團體數量雖多，但實際上參與保育的總人數並沒有增加，這是非常令人擔憂的問題。
根據經驗，眾多的保育團體平時對於活動舉辦或保護區營運的爭執雖然不斷，但是一旦遇到重要的環境議題，卻又能不計前嫌，彼此互相支援，但受限於時間及人力的不足，除了發起單位外，其餘的團體多僅限於連署支持的層次上。如能進一步深化議題的合作，或許能從中建立較緊密的伙伴關係，將有助於區域性保育工作的推展。
區域性整合的呼聲越高 組織領導力的展現越受期待
台灣地區重要的濕地已陸續出現幾處遊客數非常擁擠的熱點，但是，新聞媒體焦點還是集中在少數的明星生物物種渡冬區、繁殖種源區上，而非在生物多樣性的目標上。當大多數的保育組織還在忙著處理自己的問題時，中央研究院動物所謝蕙蓮研究員等人已提出將熱點串成生態保育廊道的呼籲，但是要到形成全島形的鍊珠形網絡仍然有段距離，需要有串連整合的領導者出現。而類似曾文溪口南北岸區域的大形保護區劃設與合作共管，則受限於行政的疆界，必須要有更上層的區域層級機構的整合。
從組織的策略發展來看，濕地保育組織的發展仍然有許多急待努力的地方，目前是如同同志爬山、各自奮鬥的階段，算不上有濕地保育網絡聯盟的企圖心。各團體除了競爭來自政府或企業微薄的資源外，尚未展開橫向的策略合作，以爭取更多的財源。在人力資源的運用上，如志工組織的發展，也有相同的狀況，顯示跨組織間伙伴關係的發展似乎有停滯的現象。此外，大學相關系所的研究團隊與各地保育組織的伙伴關係也是零散、隨機的發展著，而非根據目標導向來規劃，也是未來濕地保育工作所要面臨的問題。
整體而言，台灣保育組織與組織間的伙伴關係都還在萌芽階段，各界參與濕地保育工作及協同合作的經驗仍有待培養，期待保育組織能展現更多的領導力，方能有效地提昇濕地保育工作的成果。
