自從1994年基改番茄成功上市，有些人反對，紛擾持續十多年。基因改造食品有益健康的事實，在學術圈流傳很多年，或許不構成人咬狗的聳動新聞，民眾知道的卻很少。
當今全球有23個國家種植基改作物，最多的是美國，接下來主要國家排名依序是阿根廷、巴西、加拿大、印度與中國。進入21世紀，開發中國家迎頭趕上，號稱農業生技新興四國的中、印、阿、巴都能接受基改作物，盡力推廣生產，成長快速不下於工業國家。
美國農業在轉型進入基改作物時代之前，1989年許多州連續爆發莫名的動物流行疫病，豬隻與馬匹大量死亡，發生區域集中在中西部玉米種植的地帶，由於這些州輸出的玉米飼料，又擴大了疾病流行的地區，和延長了流行時間，給農民帶來巨大損失。經過科學家研究證明，這都是因為當地生產的玉米被伏馬毒素(fumonisins)污染所致。這種病在南非、阿根廷、巴西和中國都有發現。美國食品藥物管理局(FDA)遂在2001年制定了飼料與人類食品的伏馬毒素污染殘留含量標準，並訂定良好作業規範，有效控制了疫情。
伏馬毒素污染可以算是環境污染的一種，它來自學名叫做串珠鏈刀菌屬(Fusarium verticillioides and F. proliferatum)的黴菌，在一定溫度和濕度條件下繁殖所產生的次級代謝產物，是人類最新發現的黴菌毒素之一。1988年，南非和美國科學家才從發黴的玉米中分離出伏馬毒素B1(FB1)，在其他類似毒素中毒性最強，而且對熱穩定，不容易被蒸煮破壞分解，因此可以通過飼料或食品加工過程，對動物及人類健康產生危害。
伏馬毒素對於動物危害，經過許多大鼠實驗已經證明可以產生肝癌腫瘤。對於人體健康的影響，1988年南非對食道癌發病率高的土倫斯凱(Transkei)地區進行調查，結果發現食道癌高發地區的主食玉米受到伏馬毒素污染情況比低發地區嚴重，食道癌發病率與伏馬毒素污染成正相關。這個情形與中國很相似。
中國河南省林縣是世界知名食道癌最容易發生地區，每五名死亡者就有一人是食道癌，不僅人如此，連飼養的雞隻也是相同情形，因為當地人們習慣將吃剩的東西來餵雞。當地居民窮困，沒有辦法吃到新鮮蔬菜水果，主食為雜糧玉米，儲藏潮溼的玉米容易引起黴菌感染。1994年中國和日本學者對河南林縣進行一次調查，發現該地區主食含有伏馬毒素水平高達30-50ppm，發黴玉米中伏馬毒素最高值達118.4ppm。目前伏馬毒素引起食道癌的機理還不清楚，須要進一步研究。台北榮民總醫院在衛生教育時舉河南林縣的案例，說明癌症與黴菌感染的相關性。台灣也是黴菌發生率高的地區，食道癌是國內十大癌症之一，因此食物要講求新鮮，以避免黴菌污染。
1996年美國開始大規模種植基改玉米後，有意外的發現，基改玉米比非基改玉米的伏馬毒素含量減少很多，起初十分不解其原因。擴大研究的結果，只有在抗蟲的基改作物中觀察到這個現象。不僅美國如此，法國、意大利、西班牙、土耳其及阿根廷，全世界288個不同田間試驗，都獲得一致的結果。在歐洲試驗的基改玉米，伏馬毒素污染含量也降低到符合美國FDA人類食用的2 ppm標準以下。
1997-1999歐洲田間試驗也證明基改玉米可以降低伏馬毒素含量(理查‧菲普斯Richard Phipps, 2005)
為瞭解原因，科學家實驗觀察，只要遭受昆蟲侵襲，造成玉米傷口，都有被串珠鏈刀黴菌感染的機會，但是帶有抗蟲Bt結晶蛋白的基改玉米，可以有效降低蟲害，減少黴菌伏馬毒素污染。Bt結晶蛋白可以殺蟲，原本是土壤中的蘇力菌(Bacillus thuringiensis)製造出來，成為昆蟲天敵的秘密武器。蘇力菌被有機農民當做天然生物農藥，已經有半個世紀安全使用歷史。科學家借用蘇力菌殺蟲的Bt結晶蛋白基因，轉殖到植物，使得植物本身就可以抗蟲，不但證明有效，也同時意外降低黴菌的污染。
伏馬毒素污染是一個近十來年才新發現的事情，研究所知有限。美國經過國內爆發流行疫病事件，FDA先行訂定了殘留含量標準。聯合國食品法典委員會也相當重視，2001年召開專家會議開始進行瞭解，考慮訂定國際標準。因為伏馬毒素的種類很多，污染的飼料常常比純的伏馬毒素毒性還要高，似乎有相當複雜交互增強作用的反應，須要更深入研究，預計2009年才將提出草案。不等待聯合國行動，韓國每年進口美國玉米800萬公噸，世界排名第2，韓國食品藥物管理局今(2008)年訂定了伏馬毒素食品污染標準，已經通知世界貿易組織。台灣每年進口美國玉米500萬公噸，排名世界第4，目前還沒有考慮訂定標準。
進入21世紀，基改作物持續成長，已經成功建立為世界農業經貿重要的一環。很少有人類新興技術如此愛恨交錯，雖然疑慮未除，但是經驗不斷累積，從大自然學到很多功課。抗蟲Bt基改玉米就是科學家從有機農業使用經驗，學到利用生物農藥的細菌有天然殺蟲效果，而且對魚類、鳥類、哺乳類動物完全無害。人類將細菌抗蟲蛋白基因借給植物使用，幫忙植物抵抗蟲害，也能被各種植物欣然接受，而且長得健康強壯，大自然有容乃大，實在十分奇妙。抵抗了蟲害，農作物損失減少，收益增加，農民不須要噴灑太多人工化學殺蟲劑，降低成本，減少化學農藥對農民健康的傷害，一舉數得。至於因為抗蟲基改作物能夠減少黴菌毒素，這就不是科學家早先預期到的意外好處。對於一般消費者而言，基改食品比非基改食品有更低的環境污染風險，增加食品安全，是滿特別的一個案例。
