10月22日台美簽定了「台灣美國牛肉議定書」，翌日衛生署宣布30月齡以下的美國帶骨牛肉、內臟、絞肉開放進口，此一令人錯愕的宣告，民眾立時陷入狂牛症與新型庫賈氏症陰影的恐慌當中。
台灣醫界聯盟於10月25日發出新聞稿，反對進口美國帶骨牛肉與腦脊髓聲明。聲明稿內直言，「狂牛症的變性蛋白進入國境，就是長期潛伏威脅，威脅的持續性是通常風險評估沒考慮的」，「最嚴重的是台灣目前仍沒有新型庫賈氏症與牛海綿樣腦症風險評估的專家，又如何做好美國帶骨牛肉進口的風險評估？」。
台北市政府於26日宣布，推動成立「拒絕使用美國牛內臟、絞肉及脊髓自主管理聯盟」與自主管理認證機制。市長郝龍斌表示，自主管理聯盟與認證機制，將採取「源頭管理」、「流向管制」、業者的「自主管理」及市府的「主動查核」等措施進行管理。
消基會與主婦聯盟則發起全民公投自救，提出要求重起談判的訴求，其提案主文為：「要求否決衛生署在98年11月開放美國30月齡以下帶骨、絞肉牛內臟、牛脊髓之政策，重啟『美國牛肉輸台議定書』談判」。第一階段以高達十三萬張的連署書送交政府，表達嚴正抗議。此外，更有博士生以吃牛糞、睡棺材、絕食等等激烈手段，企圖呼籲政府正視人民的聲音，無奈，政府的顢頇與冥頑不靈，什麼也聽不見什麼也看不到。
面對一波波的質疑聲浪，衛生署提出「三管五卡」的行政補救措施。事實上，國內種種食品安全事件一再顯示國內對於食品安全把關能力是極其有限的。而「三管五卡」更是違反台美協議要點，只會讓國際視為無賴、耍賴的行為。
國安會蘇起在立法院說出「國際協議高於國內法律」，馬英九也以「台灣的國際信用會受到嚴重傷害」，否決重啟協商的民意。
另外，此議定書還有一條更令人擔憂，「台美議定書生效一百八十天後，將檢討三十個月牛齡的限制，並考慮完全開放美國牛肉。」也就是說，再過幾個月，更高風險的、高過30個月的老牛也能進口。
立院執政黨團則假裝順應民意進行食品衛生管理法修法，但是卻不願意「明文」禁止疑慮的部位進口，以致朝野互鬥、任令立院空轉。不知執政黨是否打算以時間換取空間，好隨著時間流逝而造成不可處理的事實？
