由民間團體組成的「兩公約施行監督聯盟」於520馬總統就職當天，發布《2011台灣人權報告：兩公約民間社團影子報告》，報告中指出，政府花了很大的功夫進行人權化妝，而在攸關環境人權的《經濟社會文化權利國際公約》方面，光是第11條「適當生活水準」的權利，以及第12條「享有最高標準健康之權利」，近年引社會重大疑慮的食品安全風暴、糧食自給率低、科學園區污染水資源又搶奪農業用水、核能發電自身風險與核廢料輻射危害、以及都市更新爭議等，都是對人權的侵犯，國家報告卻隱而未提，甚至企圖淡化。
該聯盟20日以正式文書的方式，更仔細地回應與批評不及格的國家人權報告，也邀請各界共同檢視當前台灣所面臨的各項人權侵害，並非像官方報告般輕描淡寫。
報告顯示，幾乎兩公約所規範的實體權利清單，樣樣都出了問題。環境人權方面，則包括以下數項，文字均節錄自《影子報告》內容：
《公民與政治權利國際公約》第27條：少數族群權利
（節錄報告p.244）…無論是司馬庫斯風倒櫸木案或是鄒族蜂蜜案，其最初判決皆明顯違反了〈公民與政治權利國際公約〉第27條關於少數民族的權利。條文中提到凡有種族、宗教或語言少數團體之國家並屬此類少數團體的人，其團體內共享之固有文化不得被剝奪。本條公約的一般性意見更是指出，文化本身以多種形式表現出來，包括土地資源的使用與其特定的生活方式相聯繫，這些地區及團體的傳統活動或是生活區居住地都應受到法律保護，並且國家應採取「積極」的保護措施並且確保少數族群的成員能夠確實的參與涉及他們自身的決策過程。
在法律制定層面，除了現有的〈森林法〉及〈原住民族基本法〉要具體的落實之外，更應該積極推動原住民族自治法。在自治法的立法期間，應廣邀原住民族本身參與此立法過程，讓原住民族可以確實的參與涉及他們自身的決策過程。此外，在非法律層面，屬於多數的漢人必須要去尊重與自己不一樣的文化，而不是以本位主義的態度對待屬於少數的原住民族。
《經濟社會文化權利國際公約》第11條：適當生活水準
（p.281）無法做到前端控管的食品安全，政府甚至隱匿疫情：狂牛症、禽流感、三聚氰胺、塑化劑、含瘦肉精肉品等食品安全衛生事件，多次造成大規模的社會不安；而致關國民健康之食品議題，卻因政府獨斷將其框架為衛生專業議題，民眾幾無參與決策過程之管道與機會。而政府本應為決策負起溝通、說明等行政責任，以及為政策成敗負政治責任，關鍵時刻卻又經常推諉專家學者卸責，政策與政治過程缺乏透明度與問責性。
（p.283）陷入國安危機的糧食問題：政府在國家報告中，並沒有誠實地告訴我們，台灣因為人口的成長、提高肉食比例以及對外貿易關係的轉變等等因素共同作用的結果，導致台灣的糧食自給率已經降到30.5%到32.4%之間徘徊。
台灣的人口倍增和肉食比例增加，使得台灣的穀物消費量急遽增長。但是，同一時間台灣農地卻開始休耕，使穀物生產量銳減。穀物的需求暴增而產量遽減，使得糧食綜合自給率快速下滑…在休耕政策的情況下，從1973年通過的〈農業發展條例〉，已在2000年修法，開放農地自由買賣（仍限為農用），2010年通過〈農村再生條例〉，進一步讓炒作農地者可以不需審查過程就可變更農地用途，台灣農地將面臨更大的浩劫。
（p.285）環保署不理會行政法院環評判決，放任科學園區繼續施工造成水污染：中科三期環評爭訟自2006年迄今，已超過6年。期間，行政法院判決環評無效二審定讞，政府機關卻帶頭踐踏司法判決，不但登報指責法院判決無意義、無效用、破壞環評體制，更草率地於141天內以補件方式通過中科三期二次環評，罔顧后里早已承受高污染風險的事實。行政機關（包括行政院環保署、國科會及其所屬的中科管理局）在環評遭法院撤銷後，仍強行運作，上演環評史上首度邊施工邊環評的荒謬劇碼；在法院裁定停止執行後，更藐視司法，主張「停工不停產」，將法院判決與人民、環境的健康踐踩在地。
…《經濟社會文化權利國際公約》第12條保障人民的健康權，然我國環保署的健康風險評估技術規範，卻未將環境中背景值（當地環境的既存風險）納入整體的評估考量。以中科三期為例，后里居民血液中的戴奧辛含量遠高於全國其他地方，后里上有許多既存的汙染源，后里居民及專家學者屢次質疑環保署的健康風險評估報告，未能忠實呈現居民所面對的健康風險，卻遭漠視。
（p.286）政府放任工業用水搶奪農業用水：台灣蠻野心足生態協會律師陸詩薇說，「中科四期用水計畫」有兩大違法，第一是未辦環評擅自施工，且未依法環評就蠻橫施工，還造成人車受傷，已經明確違反〈環境影響評估法〉第22條規定，依法主管機關應命開發單位停工，甚至應該處以罰鍰或有期徒刑；第二是環評審查結論允許調撥農業用水，和水利會賣水的行為，都侵害了〈水利法〉第18條的農業用水優先權，陸詩薇說，優先水權的意義是，優先水權人的需求應該優先滿足，滿足之後如果有賸餘，才可以調撥，從彰化農田水利會組織章程第46條第2項也可看出，除非是「節餘」的水才能出售。除了中科四期引發的搶水議題，高雄美濃與高屏地區也因為美濃水庫與吉洋人工湖的工程，引發經濟部水利署浪費水資源的爭議，民間團體美濃愛鄉協進會、美濃農村田野學會也質疑，政府用暗渡陳倉的方式，通過吉洋人工湖第一期預算。
（p.292）都市更新條例惡法強拆民屋與居住正義：當建商所為與公共利益相差甚遠時，現行的《都市更新條例》、相關審議制度卻沒有任何制衡措施。建商與住戶的一切「私約」，只能讓個別竹少數不同意都更方案的住戶自行和建商財團去打民事訴訟，政府不但沒有介入仲裁制衡的責任，法令中反而有不當授權，竟讓政府得以公權力替建築商拆除不同意都更之住戶家屋，迫使住民歷經永久或暫時性搬遷。（官方報告完全未提及）
（p.292）十年等不到永久屋的哈凱部落： 哈凱（Hagay）部落為一居住於桃園縣復興鄉之泰雅族部落，原先生活在石門水庫上游的深山中，但因出入不易影響教育及工作，部落長輩遂於1966年間集體合資買下巴陵橋旁之土地，建造屬於自己的房子。
1977年，為解決石門水庫淤積問題，政府於部落上游興建巴陵攔砂壩，卻未做好維護工作，2002年水利署得知副壩毀損後卻未採取有效措施，導致水流沖刷部落地基之邊坡，加上連年颱風侵襲，最後造成邊坡崩塌、部落無法居住之結果。
2004年8月艾利風災後，由於哈凱部落的地基完全崩壞，無法繼續居住，17戶族人遷居至政府所蓋之組合屋居住，政府承諾他們3年內會建好永久屋，興建過程中卻因預算、部分居民自備款不足等問題而不斷延宕，政府也未善盡告知義務，僅以口頭承諾的方式取得部落長輩的信賴，最後卻不斷跳票。（官方報告完全未提及）
《經濟社會文化權利國際公約》第12條：享有最高標準健康之權利
（p.312）職業災害防治嚴重不足：台灣每個工作天有5個勞工可能因職業病或職業災害死亡、20幾個勞工可能因此終身致殘，而勞工期盼的職安法卻在立法院遲遲無法通過。行政院勞工委員會去年4月底針對20年沒大幅修正的「勞工安全衛生法」提出修正草案，草案改名「職業安全衛生法」，擴大適用工作者範圍、健全職業病預防體系及建構機械與化學品源頭管理機制，還有俗稱「六輕條款」規範，對高風險工安事件增訂風險評估機制與相關罰則，但最後沒有修法通過。
（p.312）美國牛肉開放涉及食品安全，但政府決策獨斷獨行：此事件反應的，除了健康議題外，更是政策過程缺乏民主參與。是否開放進口，歷經3次專家會議討論，並未就風險大小、管理方式達成結論，無法說服國人願意接受風險，也完全無視風險溝通的必要性。民間意見還尚未發抒，政府就已經做出決定。完全忽視部分專家對於風險評估過程未充分參考世界衛生組織資料，所提出的質疑，也藐視消費者團體的呼籲，這事件反應的是行政獨裁的作風。（官方報告完全未提及）
（p.316）核能發電以人民健康為代價：核電廠則是高危險且嚴重威脅勞工健康的工作環境。長期從事職業災害、污染等相關研究的法國現代中國研究中心台北分部主任彭保羅，曾經訪談核一、核二的包商工人，發現台灣核電廠技術人員專業知識不足，且維修時間越來越短，為了趕著完成工作項目，工作人員只好將輻射計量器擺在沒有輻射的地方，假裝體內的輻射還在標準值以內，導致工作風險高且面臨罹癌危機，等同犧牲工人健康生產便宜的電力。
核能發電會產生中低階的放射性廢料，以及具有高強度放射性的使用過核燃料。目前台灣中低階的放射性廢料存放在蘭嶼（原住民部落）。2008年竟發現核廢料桶禁不起蘭嶼高溫潮濕和高鹽分的惡劣環境，4000多桶核廢料全部鏽蝕，部分廢料桶甚至已爆裂開膛，貯放的近10萬桶核廢料中，爆裂桶約佔5%。高輻射廢料則都還存放在核一、核二、核三廠的原址，如果發生大地震、颱風等，安全堪慮。
上述事項僅節錄「兩公約施行監督聯盟」於影子報告中所指出，官方版國家人權報告隱而未提的侵權事項，報告中不僅提出問題，亦提出建議方案，均可在報告中取得。
該聯盟強調，這僅是部分的民間社團影子報告，並非代表所有民間的聲音和意見。期待更多民間社團可以從各自的戰鬥位置，提出更多元的影子報告（shadow reports）、反報告（counter reports）、或替代報告（alternative reports）。
聯盟也指出，當前政府確實有意參照兩公約施行監督聯盟的部分建議，在台灣成立一個國際審查機制。該機制一旦確立之後，國家報告就必須進入國際的、外部的審查機制與後續落實的程序，在這過程中，民間NGO與國際NGO所提出的許多影子報告、反報告與替代報告，都可以並呈作為國家專家獨立審查的參考依據，形成一種所謂的「建設性對話」（Constructive dialogue），而不會像過去的國家人權試行報告那樣，官民之間各說各話，無法聚焦對話。且就當前聯合國條約機構的審查情況，條約機構委員會的委員們，往往會大量參考民間所提供的事實資料與證據，在正式的國際審查會議中對各締約國官員進行嚴厲的審查。
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