2010年7月15日，漁業署規定的飛魚卵採捕期提早結束，原因是限捕量300公噸已超額至320餘公噸，導致較晚至東北角採捕飛魚卵的澎湖漁民血本無歸，群起抗議。
自2008年起，漁業署規定限期限量採捕飛魚卵，限於每年5月至7月（去年至7/15、今年原訂至7/31）採捕300公噸；並於去年起，要求捕飛魚卵漁船必須插上橘色旗子，並在報關出港前簽署切結書。種種作為無非是保護繁殖期的飛魚，基於「有卵才有魚」的理念，保育飛魚卵就是保育飛魚族群數。
「海上黃金」飛魚卵
台灣迄今對於飛魚的研究並不深入，依據中研院邵廣昭研究員主持的「台灣魚類資料庫」網路版資訊，目前全世界紀錄到的飛魚共有81種，而在台灣就發現了26種，佔三成二，有四翼的、雙翼的，成魚有身長近一尺的、也有小到不足半尺的；但對於不同種飛魚的行為、分佈時空等資料，尚處於半知半解的階段。據漁民觀察，有許多族群會聚集到東北角至彭佳嶼、龜山島海域產卵、也有許多族群據推測是遠離島嶼到大洋中產卵。漁民多以魚體大小來分類，蘭嶼和花蓮的原住民捕捉的是大型飛魚，而會到東北角海域產卵者絕大多數則為小型飛魚，後者因為體型小又多刺，因此東北角只有飛魚卵產業，而不捕飛魚。
目前全世界的飛魚卵三大產地包括台灣、印尼、秘魯；其中，台灣的飛魚卵因保存及加工技術佳，品質為世界第一，口感和色澤超越其它產區，素有「黃金卵」美譽，絕大多數外銷日本、部份有生產履歷者則銷往歐盟，豐收的年頭，單一收購公司一年就外銷40貨櫃。
台灣最大的飛魚卵卸貨點是基隆八斗子漁港，其它依規定可讓飛魚卵漁船進出的港口包括野柳、深澳、梧棲、澎湖。其中，八斗子是採捕飛魚卵最具傳統的漁港，至少從40年前開始已有經濟行為，漁民以「撈」馬尾藻的方式，把飛魚最喜歡的「產房」馬尾藻撈上船，賣給收購飛魚卵的商人。但由於飛魚卵汛期同樣是小管汛期，因此八斗子現在幾乎沒有漁船專捕飛魚卵，自大約30年前，由來自澎湖的漁船逐漸取而代之，2010年到東北角捕飛魚卵的澎湖漁船就有189艘，他們訂作特製的「草包」，串連漂浮在海上，模仿馬尾藻在海面隨浪起伏的特性，引誘母飛魚前來產卵，再回收草包收成成團的魚卵。
澎湖漁民呂先生表示，五、六月份，澎湖海域的魚種不論是高價位的鯛魚、石斑或是低價位的鰹魚和雜魚，大多處於產卵期，放棍（延繩釣）牠們不愛吃餌、放流刺網牠們也不觸網，漁民捕不到魚，迫於生計，才群起航行二百多浬到東北角捕飛魚卵。
「捕飛魚卵是仁慈的」
呂先生說，母飛魚不像許多魚種一樣，產卵後即死亡；她們在一地產卵後，會到別處繼續產卵，「我們只採卵、不抓魚，難道不是保護飛魚的方法？」宜蘭大學動物科技學系兼任助理教授陳永松證實了漁民所觀察到母飛魚會一再產卵的情形，他的研究顯示，母飛魚產卵後生殖線會恢復發育，待下次成熟後再度產卵。
飛魚卵加工業者薛先生也強調，「這種捕撈方式是最仁慈的，因為我們不抓母魚；比起其它漁業抓整尾成魚，讓魚連產卵的機會都沒有，這也許是飛魚卵產業能永續經營這麼多年的原因。」薛先生也透露，在恆春、台東、宜蘭，有少數漁民在飛魚卵成熟到八分左右時，即捕捉母飛魚剖腹取卵，這才是不給飛魚生養機會的粗殘作法。
捕飛魚卵已有十六、七年的呂先生，以及一家兩代從事飛魚卵收購生意的薛先生都表示，如果東北角海域的潮流、水溫適合，兩個月的飛魚卵產期就能捕到上千噸的卵，原料產值近2億元；若是海水環境較差、端午節前後的雨水不多，平均也有六百噸左右的收獲－－除了少2006年不知為何，收獲不到二百噸。
因此，對於漁業署於2008年訂出年捕300公噸的限量政策，他們都質疑：評估基礎何在？為什麼是300噸而非500噸或100噸？飛魚族群量的調查資料是否足夠？捕飛魚卵對於飛魚繁殖的影響究竟到達什麼程度？為什麼其它國家都不管制飛魚卵產業，唯獨台灣要嚴格管制？
由於飛魚卵產業從業者「拜託」飛魚產卵都來不及了，自然不願意見到飛魚族群數減少，因此他們異口同聲表示「願意接受管理，但是要合理」。
呂先生認為，政府如果要保護飛魚數量，更應該管制捕捉量，但必須和飛魚卵收購商協調提高收購價，以顧及漁民的生計。
此外，呂先生也指出，近8年來大陸漁船在兩岸的重疊海域、甚至越界採捕飛魚卵的情形非常嚴重；雖然5至7月是中國沿海省份的禁海期，但有許多未接受政府補助的木製小船、或只接受少量補助的小型鐵殼船，蜂擁前來台灣東北角海域搶捕飛魚卵這種「海上黃金」，今年有二百多艘中國漁船，往年更有上千艘的紀錄。如今台灣年限捕量300公噸，但飛魚卵的產量遠不僅此，其它的等於拱手送給中國漁船，漁民咸認這樣的限制措施不啻於「資匪」。
薛先生則依多年經驗提出「恐怖平衡」的經濟行為理論：漁民看天候和潮流就知道出海能否豐收，如果飛魚卵量不夠，出海一趟不但花時間更要花油錢、草包錢，入不敷出，他們出海意願就不高；而若漁民觀察出海能夠豐收，則會大量採捕飛魚卵，即使量多價賤，也能以數量彌補價錢，直到收購商降價到底線，漁民已無利可圖，自然就會停止採捕。薛先生認為這不妨視為一種以經濟理性促使飛魚卵產業永續經營之道。
要不要吃飛魚卵？
目前飛魚卵除了外銷，國內也有業者研發出飛魚卵創意食品，例如飛魚卵香腸、飛魚卵冰品。八斗子的海鮮創意食品開創者「蝦冰蟹醬」負責人薛麗妮表示，靠海吃海，當人們知道海產可以吃出這麼多花樣時，才會去珍惜海洋資源，進而去保護海洋動物的棲地。
陳永松教授表示，可透過產官學合作，運用「標本船」來蒐集飛魚族群量與飛魚卵捕捉量之間的關聯性資料，因為「現在最迫切的是要取得較正確的科學數據以建立資源管理模式」。
針對飛魚卵產業是否明確導致飛魚產量減少的問題，中山大學海洋事務研究所張水鍇教授也指出，由於飛魚的分布與環境因子有顯著相關性，異常產量的幅度與聖嬰現象的強度似乎有正相關：1997年聖嬰現象較強，2004年較弱，飛魚產量也呈相同關係。因此飛魚產量的變動，除了和漁捕壓力有關外，也可能受到環境變動的顯著影響；不過，目前我國在飛魚時空分布資料的蒐集及與環境因子相關性研究上還相當缺乏，所以無法有比較明確的結論。
飛魚以浮游生物為主食，有時也吃小魚，牠們是海洋食物鏈裡的低階物種，是鬼頭刀、鮪魚及部份鯨豚的食物。當我們在享用口感Ｑ彈、咬下去「卡滋卡滋」還會「爆漿」的一顆顆飛魚卵時，也應該思考：我們是不是吃掉了飛魚繁衍的機會？是否正在與海洋生物「搶食」而可能導致食物鏈斷層？人類身為食物鏈最高階掠食者，理論上什麼都可以吃，實際上是否需要什麼都吃？
所謂「經濟理性」，是在商言商、「真理性」或「作伙死」──大量採捕導致漁民和收購商都無利可圖、飛魚卵也沒有孵化的機會？另一方面，當大家品嚐海鮮冰淇淋、飛魚卵香腸、淋上飛魚卵醬的果凍等另類海產加工食品時，我們只是用味覺去讚賞食品的創意且想要一吃再吃、還是會因此產生更多友善海洋的思考──例如：透過創意食品提高海產附加價值及原料產值，以提高漁民收入進而減少捕捉量，讓海洋生物有休養生息的機會；或者，因此了解海洋原本可以提供這麼多樣的生物資源，但卻可能被人類利用消耗完，從而懂得珍惜海洋資源……
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※ 編按：海洋具有遊憩、經濟、調節氣候等重要功能，卻因氣候變遷、人為污染、過漁等因素而漸失生機，國內外專家不斷呼籲：2050年，或許我們會無魚可吃！為了讓讀者更了解如何挑選海鮮才能達到永續利用，生物多樣性專欄特別與黑潮海洋文教基金會合作，於每週五推出【看啥小魚可以吃】專題，希望透過介紹海鮮相關的故事，提醒每個享用海鮮的消費者都有責任去認識他盤子裡的食物，並以崇敬之心感謝大海的賜予，吃出海島人該有的海鮮文化。
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