墾丁國家公園內的烏頭翁與白頭翁雜交情況嚴重，內政部營建署指出，園區內南仁山生態保護區的烏頭翁基因純度最高，其他區域則有不同程度的雜交現象，因此計畫對純種的烏頭翁基因採取保護措施，目前正對南仁山生態保護區、龍坑生態保護區，以及社頂梅花鹿復育區進行烏頭翁保護區的劃設評估。內政部營建署也呼籲民眾不要進行白頭翁的放生行為，以維護台灣原生野生動物的生物多樣性。
黑白兩道 不再涇渭分明
對台灣西部的居民而言，白頭翁是僅次麻雀的第二大族群鳥類；但對東南部地需居民來說，黑頭的烏頭翁才是他們的居家鳥類。如果從蘇澳到屏東楓港劃一條直線，以東是烏頭翁的地盤，以西則是白頭翁的天下。台灣島嶼的自然地理環境，讓烏頭翁成為台灣特有種；不過，隨著東西橫貫公路、南迴、北濱公路的開通及山地的開發，白頭翁隨著人們的腳步漸漸進入烏頭翁的地盤，而產生許多雜交種，民間放生白頭翁的習俗也促成雜交種的繁衍，純種的烏頭翁基因正快速受到污染而消失中。
墾丁國家公園是台灣鳥類資源最豐富的地區，鳥種紀錄多達330種以上，除了是每年南來北往遷徙經過候鳥的重要棲息地外，也是烏頭翁的主要棲地。有鑒於園區內亦出現烏頭翁與白頭翁的雜交現象，園方特別於去（2005）年開始「墾丁國家公園烏、白頭翁擴散暨烏頭翁保護區劃設之可行性研究」，預計執行3年。此項研究計畫以烏、白頭翁之雜交、繁殖、及亞成鳥擴散為研究重點，並觀察各種配對情形的繁殖成功率，以找出影響雜交的因子。
劃設烏頭翁保護區 停止白頭翁放生
根據初步的研究結果，在新開地區繁殖的主要是白頭翁，在龍鑾潭與園區內其他地方都僅找到烏頭翁的巢，但在楓港、內獅等地則有多種的配對組合，內獅應該是雜交的核心地帶。根據烏、白頭翁及雜交配對的繁殖成功率研究，白頭翁的繁殖成功率並沒有比烏頭翁高，顯示兩種鳥的環境競爭力相當，墾丁國家公園保育科技士蔡乙榮說，主要威脅烏頭翁基因存續的問題，仍在於白頭翁持續入侵烏頭翁棲地、並產生雜交種。
為評估劃設為烏頭翁保護區的可行性，研究人員在南仁山生態保護區、龍坑生態保護區，及社頂梅花鹿復育區進行烏頭翁的分布與數量調查，發現南仁山的烏頭翁族群比較純，但是因為當地的面積很小、棲地也不十分適合烏頭翁的需求，所以當地烏頭翁的族群很小；社頂梅花鹿復育區的烏頭翁族群純度相當高，但也是棲地範圍小，使得烏頭翁族群也很小；若是將保護區的範圍擴大到社頂自然公園，雖然可能增加族群量，但遊客干擾也同時增加了；龍坑地區的烏頭翁族群較大，雖然雜交個體所占的比例較高，但可能是目前最適合劃設保護區的地點；龍鑾潭往關山、鵝鑾鼻方向面積寬廣，烏頭翁數量很多，但白頭翁與雜交個體也很多，且是重要遊憩據點，劃設保護區後，管理上會有多重困難。
不過，保育純種烏頭翁的最積極策略，是阻止白頭翁繼續入侵烏頭翁的棲地。有鑑於民間放生的風氣仍然盛行，蔡乙榮說，台灣民情不比以往，現在許多放生行為是將野生動物買來放生，基本上已經違背了大自然的原則，若為了宗教的原因影響到自然界物種的自然分布，實在相當遺憾。如今在墾丁國家公園範圍內的烏頭翁所面臨的基因污染問題，很可能就是民眾放生白頭翁的結果。
