2002年，陳水扁總統與原住民族完成「新夥伴關係協定」，簽訂包含台灣原住民族之自然主權；推動原住民族自治等原住民相關政策指導方針。然而多年來政府與原住民族間的關係，卻未因協定簽訂更加和諧。司馬庫斯3名原住民2005年因撿拾泰利颱風風倒木殘幹遭移送法辦，日前法院判決有罪，判處6個月有期徒刑，易科罰金各16萬元，緩刑2年。此判決引發司馬庫斯原住民部落強烈不滿，昨（24）日集結40-50人到林務局抗議。學者表示，政府用嚴格的法律處罰原住民，看不出要跟原住民族建立夥伴關係的任何誠意。
抗議的司馬庫斯原住民認為林務局行徑粗暴，入人於罪，以「竊盜」罪嫌污名原住民，他們要求林務局向司馬庫斯部落道歉，還他們清白。他們說，原住民在這塊土地上生活以及使用土地已經歷了20代以上的歲月，樹林是百年前祖先種的，依循泰雅族的祖靈信仰的精神，對傳統領域內森林產物的使用，是有其正當性的。部落族人認為在先祖的土地上善加利用枯倒的風倒木，本是愛惜資源、天經地義的事，說是竊盜、要坐牢、罰鍰，令他們難以理解。
由於這3位遭判刑的居民，是經過部落會議決議，賦予執行搬運「風倒櫸木」的工作，而且搬回去的倒木是用來做部落意象、造景雕刻之用，而非要出售牟利。他們認為，這並不是犯罪，搬運櫸木的行為是部落集體的意思，是遵從泰雅族的祖靈信仰來面對這樣的事情。抗議現場的原住民氣憤地說：「這是不懂泰雅文化的中華民國法律制度及其執行者，以刑事案件來處理，強加竊盜罪之名。」
新竹地方法院於4月18日判決3位被告6個月有期徒刑，易科罰金各16萬元，緩刑2年。原住民部落長老在抗議現場以泰雅語說：「部落已經做出決議，假如3個人都坐牢，所有部落的人都要一起坐牢；到時候小孩子的學費、生活費都由林務局來支付。」
林務局林政組組長楊宏志接受陳情書時說，這個事件不是林務局與司馬庫斯原住民間的問題，而是兩者應共同面臨的問題，包括原住民基本法與森林法的衝突等。不過林政組在會議後表示，林務局依法行事，無須道歉，也不會道歉。
行政院原住民委員會多位委員到場關注，卑南族專任委員陳冠年認為，此事牽涉到林務局漂流木處理辦法的問題，每次颱風過後，林務局處理漂流木的方式是將有價木頭先標記取回，剩下的才由地方政府公告可讓民眾撿拾，而去年林務局更為處理剩餘漂流木編列250萬元經費，發包將剩餘的2千噸漂流木全數燒毀。對於林務局如此處理珍貴的森林資源，泰雅長老說：「林務局不配做國家的林務單位。」
原住民認為，他們珍惜土地上資源、尊重古訓對於森林使用的規範，然而政府在各大山脈間炸山挖路、大興土木，砍伐原生林木、變更林相，興建各大建築物，用各種方法合理化其行為，卻不讓他們拿一塊木頭，進行部落意象，他們想問，「誰才是竊取台灣櫸木的小偷？」
此外，他們認為，林務局的種種行徑完全不尊重「原住民族基本法」中明訂的原住民族在其傳統領域內的權利。靜宜大學生態系教授林益仁表示，原住民拿回傳統領域上的風倒木是符合他們的傳統祖靈信仰的，且符合政府與原住民達成協議的「新夥伴關係」；林務局依據的森林法15條是有解釋的空間，用嚴格的法律來處罰原住民沒有誠意，看不出跟原住民有任何夥伴關係。
