為避免未登記工廠污染農田，2020年3月20日上路的新版《工廠管理輔導法》（工輔法）規範，蔡政府上台前既存的「中高污染工廠」必須於今年3月20日以前提出轉型、遷廠或關廠計畫，並於2～4年內完成轉型或輔導。經濟部預計4月底公告納管成果。
地球公民基金會指出，既然期限已過，經濟部應將立即將未申請納管的中高污染工廠斷水斷電並盡快拆除，也應公布申請納管的中高污染工廠詳細資料，讓全民監督轉型狀況。
中高污染農地工廠輔導轉型申請截止 經濟部4月底將公布納管成果
《工輔法》於2019年6月三讀修正通過，2020年3月20日正式上路，新版《工輔法》以2016年5月20日為分界，此後新建的未登記工廠則一律斷水斷電或拆除。此前既存的未登記工廠則分為低污染、非屬低污染（中高污染）處理，低污染工廠可透過「特定登記」就地輔導合法；中高污染工廠則必須遷廠或轉型為低污染工廠。
對於未登工廠的低污染與否的認定，經濟部以《低污染認定基準》負面表列，染整、皮革、煉鋁、電池製造、金屬製造等52項產業，以及製程含脫脂、酸洗、電鍍或陽極處理者或其他經地方主管機關審核增列者，皆屬於中高污染未登工廠。
經濟部於2020年9月公告《非屬低污染之既有未登記工廠轉型遷廠或關廠及輔導期限處理原則》，明定既存的中高污染工廠須於2021年3月20日前提出轉型、遷廠或關廠計畫，若未能於期限屆滿提出，則可向申請展延一次，展延期間不得超過3個月。相關計畫提出後，需經過地方政府邀集農業、環保等機關審查核定，並於2～4年內完整轉型。
地球公民基金會研究員蔡佳昇表示，既然時限已到，經濟部應該將未提出轉型計畫、依法申請納管的中高污染工廠斷水斷電，並盡速拆除，否則有失政府公信力，對於依法申請納管轉型的業者也不公平，可能造成未來更多業者拒絕配合政府輔導計畫。
立委洪申翰也說，已要求經濟部中部辦公室，應於3月20日的關門期限之後，公開未申請納管的業者名單，並提出勒令停工、斷水斷電的查處時程與規劃，「農地上中高污工廠要查處、遷廠、關廠或轉型，需要經濟部公開各縣市的管理輔導計畫，並和各縣市國土計畫中的『未登記工廠清理計畫』對接，地方政府也有不可迴避的責任。」他說，政府應透過資訊公開，讓民間一同監督農地未登記工廠問題。
經濟部於2019年花費7000萬清查全台未登工廠，報告指出全台有4.5萬家農地違章工廠，其中約1153家為中高污染工廠。經濟部中部辦公室主任林春菊表示，3月19日申請期限截止，不會再延長，目前正請各縣市政府回報相關資料，預計4月底對外公布，屆時就能知道實際申請納管業者數量。「未於期限內申請納管的中高污染工廠，將依法查處、停水、停電。」
4.4萬家低污染工廠恐就地合法 王婉諭憂影響食安
綠色公民行動聯盟研究員陳震遠指出，若於新版《工輔法》上路前，已依法取得「臨時工廠登記」的既存工廠，即使是中高污染工廠，也可直接申請「特定工廠登記」。目前統計取得臨登的工廠約有477家，「透過財政部、環保署的公開資料發現其中有359家，含有中高污染業別、製程，卻沒有被經濟部認定為是中高污染，可能直接取得特登就地合法。」
陳震遠認為，政府不能只查處調查報告的1153家，4.4萬家中可能有很多以低污染名義掩蓋高污染事實的「黑數」，經濟部即便不能一一清查，也至少要勾稽4.4萬家農地違章的污染違規記錄、財稅行業資料，對有污染違規、有中高污染稅籍，但名下卻沒有工廠的公司進行清查，才能找出漏網之魚。
報導者就曾揭露，位於彰化頂番婆的慶川企業社有執行金屬表面處理，也有「脫脂」製程，都屬中高污染工廠，不能就地合法，且也發生過污染地下水的違規紀錄，至今仍在整治。然而，因為慶川的營業項目登記為「其他金屬手工具製造」，而非「金屬表面處理」，仍可能依法取得特定工廠登記。
立委王婉諭就說，農地違章工廠不僅是環境、土地利用的問題，更是食安的問題，「特別是位於農地上的中高污染工廠更是巨大食安風險」。他指出，根據環保署資料，台灣污染農地高達1154公頃，其中有108筆農地反覆遭到污染，環保署還墊付約15億的整治費用，耗費政府資源，「政府應落實中高污染轉型、遷廠或關廠，才能讓下一代安心成長。」
王婉諭要求，經濟部4月將公布的中高污染未登記工廠輔導辦理情形，應包含廠商名稱、位置、產業別與查處時程，讓全民共同監督斷水斷電與拆除進度。
對此，經濟部中部辦公室表示，在縣市回報相關資料時都會包含業者名稱、地址、行業，但尚未確定能否於4月底一併對外公布。林春菊也說，針對4.4萬家低污染農地工廠，地方政府每年都會抽查，而環團提供的相關資訊，也會優先稽查，確保工廠不屬於中高污染類別。
