去（2021）年9月，珍愛藻礁公投領銜人潘忠政於臉書指控，中油第三天然氣接收站施工土方疑似外溢，導致大潭藻礁G2區域多處淤積大量污泥，影響藻礁生態環境及柴山多杯孔珊瑚，引起各界關注。
海保署與桃園市政府於兩個月後完成該案調查，研判藻礁淤泥與中油土方組成不同，「來自中油填土方的可能性非常低」，且一個月後淤泥即被海流帶走，殼狀珊瑚藻與柴山多杯孔珊瑚未受明顯影響。
潘忠政質疑中油三接施工是藻礁淤泥元凶 海保署：可能性極低
去年9月，潘忠政於臉書上指出，大潭藻礁G2區域多處淤積大量污泥，淤泥情形與過去淤沙的狀況截然不同，導致生物棲息的藻礁孔隙被覆蓋、一級保育類柴山多杯孔珊瑚遭活埋，對藻礁生態產生重大影響，並呼籲主管機關應立即展開調查並清除淤泥，在調查結果完成之前，中油也應暫停施工。
不過，當時中油駁斥相關指控，強調海岸淤沙是會隨季節變化的自然現象。中油副總經理方振仁認為，淤積在藻礁海岸的泥沙，是受豪大雨沖刷而帶出海的河川底泥，與三接工程無關。
同年9月8日，民眾黨立委蔡壁如、國民黨立委林為洲邀集中油、桃園市府、海保署、環保署等相關單位一同前往大潭藻礁G2區現勘。海保署署長黃向文也親自到場了解藻礁區的淤泥情形，並承諾將於兩個月內調查藻礁區的淤積原因，釐清是否與三接工程有關。
海委會在去年11月8日完成《大潭藻礁淤泥覆蓋調查報告》，但並未公開於網路上，記者經海委會取得該份報告。調查結果指出，經分析，藻礁淤泥主要成分為「綠泥石」，但中油三接施工的填土方並無此成分，「研判藻礁淤泥來自中油填土方的可能性非常低。」
淤泥與三接填土方粒徑、成分有差異 一個月後即被海流帶走
此份報告中，海保署負責調查殼狀珊瑚藻的藻種、覆蓋率，並抽查柴山多杯孔珊瑚的生長現況，以了解藻礁生態是否受淤泥影響。至於淤泥組成分析則由桃園市政府委託國立中央大學協助執行，透過粒徑及岩相分析，釐清去年秋季大潭藻礁G2區海岸淤泥是否為三接工程的填土方。
中央大學團隊於去年立委現勘當天（9月8日）、一周後（9月15日）、四周後（10月5日）分別進行三次現場底泥的採樣調查，並將藻礁潮間帶底質、淤泥及中油三接施工填土方一同帶回實驗室，利用雷射粒徑分析儀、光薄片礦物鑑定、X光繞射等方式進行科學分析。
雷射粒徑分析結果顯示，淤泥的粒徑分布在粉沙及黏土的成分區間，且最多分布在約10～25微米之間，「若淤泥是由中油土方漂送過去，兩者在粉沙及黏土的粒徑分布曲線應為相同，但比較兩者在0～100微米的細顆粒粒徑分布曲線有所差異。」
透過光薄片礦物鑑定分析，中油土方含有8.3%不透光物質（Opq）及1.7%碳酸鹽類（Cb），而淤泥則沒有此兩種成分。透過X光繞射更發現淤泥的主要成分為綠泥石，而中油土方則無此成分，「研判淤泥是由中油填土方洩漏漂送過去的可能性非常低。」
報告指出，去年8月適逢波浪很小的海象條件，且G2南側區域流速又較其他區域慢，形成適合粉沙及黏土沉降的環境，因此估計淤泥應是經由海流輸送到適合沉積的環境後沉澱累積所致。
所幸在淤泥事件發生一週後（9月15日），中央大學團隊發現，G2南側區域的淤泥在自然風浪作用下已被海流移除，顯示淤泥不屬於原有潮間帶環境應有的沉積物；四周後（10月5日）團隊再度前往現場調查時，已經不容易發現淤泥，推測該區域的沉積環境並不適合淤泥永久存在。
海保署：殼狀珊瑚藻、柴山多杯孔珊瑚生長未受明顯影響
為了解淤泥對藻礁生態的可能影響，海保署爬梳歷史資料指出，自2001年到2018年間，大潭藻礁覆蓋率起伏於20%～100%之間，易受海氣象條件的影響。
2020年，大潭藻礁海域發現殼狀珊瑚藻共22種，且數量會隨季節變化而有所差異，以冬季14種為最高，其次為春季12種、秋季9種，夏季8種最低，顯示殼狀珊瑚藻的覆蓋率與藻種數會受海溫、氣溫等環境因子影響。
去年夏季在G2測站共計監測到7種殼狀珊瑚藻，覆蓋率介於1%～20%之間；同年秋季則監測到11種殼狀珊瑚藻，覆蓋率介於1%～54%之間，生長狀況較夏季良好。
此外，針對各界關心的一級保育類柴山多杯孔珊瑚，先前中油公司在G2區域共監測到93株，惟因其生長於潮間帶水域，研究人員只能把握大退潮到日落前約一小時進行現勘，因此考量時間及人力，海保署此次鎖定淤沙較嚴重的區域，一共調查24個點位。參考中油調查資料，在去年9月之前約有16株存活，10月6日海保署人員趁著大退潮前往調查時，共計18株存活、2株遭沙埋，另外4株則因水質混濁無法確認其狀況。
調查報告指出，其中「G2-3-17」及「G2-NTOU#2A」兩個點位，在去年9月8日現勘調查時，從媒體記者拍攝照片顯示，已遭泥沙完全覆蓋，但過了一個月，在10月6日再度調查時，泥沙已散去，覆蓋範圍也明顯減少，潮池的群體再次露出且仍然存活，認定「柴山多杯孔珊瑚並未受明顯影響。」
海保署強調，將會持續監測藻礁生態系及保育類柴山多杯孔珊瑚數量，並與各單位共同監督中油執行海岸保護及生態調查，另也會與桃園市政府及環保署合作推動保育工作，維護藻礁海域生態系的健康。
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