九九尖峰橫跨台灣中部的南投縣草屯鎮、國姓鄉以及台中縣霧峰鄉、太平市境內，屬國有林班地埔里事業區第8-20林班範圍內，地形由礫岩為主的頭嵙山層，火炎山相岩層所構成的鋸齒山峰群，因地殼變動、劇烈的造山運動、快速侵蝕、堆積和風化作用，塑造了如火炎山的特殊地質地形景觀，峰峰相連如玉筍排空，形勢雄偉氣象萬千。台灣民間傳說，若山有百峰，則將出帝王，然而在第一百峰最後形成之際時，卻遭到風雨破壞，只有九十九座峰，因而得名九九峰。
1999年的921大地震，造成九九峰青山綠衣消失，成為「禿頭山」，棲地劇烈改變，形成地形地質上極為特殊的景觀。2000年行政院農業委員會公告此地為自然保留區，成為921之後第一個以地震崩塌斷崖地景為保護對象的自然保護區，見證記錄著天然變化的演替過程，也透過法律效力，讓保護區休養生息，維護大自然生態物種與地景的多樣性。
除了特殊的地形景觀，九九峰棲地內的生態物種亦極為豐富，根據2002年底在九九峰自然保護區所進行的物種調查與監測記錄，保護區內有植物343種，哺乳動物19種，鳥類56種，兩棲類14種，爬蟲類23種，昆蟲727種，以及蜘蛛247種，甚至在中高海拔原始森林才有的台灣山羊、黃頸蝠，以及保育類動物八色鳥等珍貴動物，都曾在自然保留區內發現踪跡，足見其生物相之豐富。
921地震後，曾有學者建議比照國外的做法，以人工噴漿、灑灌方式，把草籽、肥料混合拌勻後，從空中噴灑；但因當地土壤膠結不強，地質脆弱，只要下大雨，地表就會沖刷剝落，人工植被亦會隨之流失，加上在此同時，峭壁上自然演替的植物群落正迅速地回復，於是最後改採自然恢復方式，保護區內崩積土上隨風吹灑的植物種子，幾年下來已逐漸長成5-6公尺的小樹。這些大自然撒種的植物，生長情況良好，幾乎都是台灣原生種植物，包括二葉松、五葉松、山黃麻、山鹽青以及台灣蘆竹等，都生長得極為茂盛，綠意生機證明了大自然的偉大力量。
巨變過後，人們生活慢慢回歸正常，大自然的景觀與生態在不受干擾的情況下，也得以休養恢復。九九峰自然保護區的存在，讓人們永遠記取這段百年大震的歷史記憶，也向大自然學習謙卑敬畏的共存方式。
