陽明山國家公園管理處在去（2007）年12月台北樹蛙繁殖季節大興土木，於遊憩區內陸化泥區域新建廁所與生態水池，經保育團體控訴破壞台北樹蛙棲息地後，目前已暫停施工。日前花蓮教育大學生態與環境教育研究所所長楊懿如、生態工法發展基金會執行長邱銘源、自然與生態攝影學會向高世等專家學者，分別與民間團體前往施工現場會勘，他們要求後續補救措施，並提供未來陽管處檢討與改善方向。
陽管處表示，陽明山二子坪遊憩區因遊客人數眾多，舊廁所不敷使用，且產生漏糞污染水池的現象，因此計畫在靠近道路的另一旁新建廁所，以利抽糞車作業。除新廁所的建築體之外，也將原本布滿芒草的中池作為生態淨化池。
施工延宕 影響樹蛙繁殖
陽管處曾於去年4月邀請台灣環境資訊協會與荒野保護協會現勘，不過當時只有探討生態池欲種植的水生植物，且並非台北樹蛙的繁殖季節。施工工程延宕至7月20日才完成設計辦理工程發包，11月23日取得建照，11月28日才開始施工，施工期間已進入台北樹蛙繁殖季。
目前生態池已完成挖掘的部份（約15*20平方公尺），邱銘源與向高世現勘後建議，開挖完成的石頭堆砌區域，已無樹蛙存在，所以可繼續進行水生植物栽種的工程；但石頭堆砌區的北面尚未遭到破壞（下圖紅色圈出區域），應保持原狀，施工人員不可任意破壞與開挖；另外，生態池北邊岸上已移除芒草的裸露區域（下圖藍色圈出區域），應在近期內以芒草覆蓋，讓樹蛙可以再回來。
工程應一年前提出規劃
花蓮教育大學生態與環境教育研究所所長楊懿如要求，陽管處保育課應介入施工工程、全程監督，陽管處也應嚴格把關施工品質，確保工人按照施工規範施作，施工路徑、車輛行走路線都要固定，避免再度破壞棲地環境。另外，她也提到青蛙具有回到原出生地產卵的特性，工程至少應該在一年前提出規劃，並先將青蛙移至他地。
邱銘源認為工程實施前應審慎評估工程的必要性，不要爲了生態工法而生態工法，他提出幾點生態工法的實施程序：確認工程必要、投入生態調查、明確定義問題、提出可行對策、整合發包文件、持續成效追蹤。向高世指出，工程前的生態監測和調查過於草率，除了施工的時程延宕之外，工程人員的保育概念缺乏也是一大問題。陽管處工務課人員坦承疏忽了整個棲地生態的調查，只著重在工程本身，以及工程後續效益的調查。
陽管處各組橫向聯繫出問題
此外，邱銘源也指出陽管處內部橫向聯繫機制出現問題，也是這個事件的關鍵。二子坪廁所和生態池興建案，由企劃課負責整體規劃，工務課負責執行，保育課未及時發現施工地點及季節，而影響台北樹蛙繁殖。他希望藉由這次事件，國家公園內部可以建立完善的對話、聯繫機制，避免同樣的狀況再度發生。
除了國家公園內部的溝通之外，邱銘源也希望陽管處可以提早在網路上公告施工工程，以利民眾監督；並於近期內邀集各相關保育團體，研擬區內現有環境敏感區域圖(ESI MAP)，避免重蹈覆轍。
陽明山國家公園管理處承諾，將不再擴張目前二子坪遊憩區的人工干擾範圍，並逐年減少人工構造物，使其回歸自然，未來會更重視遊憩區內生態敏感地帶的保育問題。但陽管處副處長詹德樞表示，陽明山是開放型的國家公園，目前只能從縮減停車場數量、進行交通管制等方面來控制遊客數量。
