由六家媒體共同主辦的「2008總統大選電視辯論公民提問30秒」，於24日下午正式登場，不同於傳統的辯論方式，這次採用公民上傳影音提問的方式，從456則的影音提問中選出20則代表，要總統候選人回答人民心中的疑問，並邀請提問者到現場繼續追問。在20則問題當中，有六則與環境議題相關，包括農業政策、花東和澎湖離島的產業發展、國土復育計畫、全球暖化等。
針對海岸變遷提出國土復育計畫問題的鄭秀娟表示，對於兩候選人的回答都不滿意，認為兩人並沒有搞清楚海岸倒退的問題，只談治水、防洪，且政見過於學術化，沒有提出具體措施。地方所做的努力也未受中央重視、無法得到資源，「只能靠公民自己努力」是他這次最大的心得。另外，他也提出海岸變遷是全球的議題，但「候選人的視野只有到兩岸」。
綠黨秘書長潘翰聲也不滿意候選人的表現，因為兩人各講各話，都只講自己做了什麼事，雖然政見很多、很漂亮，但對於敏感的問題，像是蘇花高建不建？以及收不收財團的政治獻金？都不敢正面回應與表態，有些問題更是答的牛頭不對馬嘴。此外，潘翰聲在追問時，也問到兩候選人是否願意在任期內吃素抗暖化，但候選人「霧煞煞」，不知道吃素與抗暖化有何關係，因此沒有回應。
兩候選人對澎湖設置賭場都採有條件贊成的態度，提問者袁碩成認為兩人回答的內容相去不遠，只是謝長廷的回答較為謹慎。關於兩候選人都認為設立賭場前，可先進行公民投票決定，他則表示應該納入審議式民主的機制，讓當地民眾充分瞭解資訊。他也指出，去年政大公行系副教授黃東益在澎湖舉辦觀光博奕的審議式民主後，發現民眾贊成的比例有下降的趨勢。
而備受關注的蘇花高議題，候選人的回答果不其然在預期當中，提問者朱幸一認為兩人的回答都照劇本走，並且都表示應將蘇花高議題交由環評決定。另外，對於農產品銷到大陸，馬英九和謝長廷有不同的見解，馬認為未來可加強將農產品銷售到大陸，但謝認為大陸沒有購買力，且會有產品被仿冒、技術被竊的風險；提問者羅朝勳表示，只要可以提高農產品價格，不反對農產品銷到大陸。
當媒體追問公民哪位候選人表現比較好時，有人認為兩方都不好，有人不願表示意見，也有人開玩笑的要用擲銅板決定。
