一般印象中，台灣東部海洋應是純淨無汙染，但經學者長期監測發現台東縣雖無工業排放廢水汙染海域，但民眾和遊客的生活廢水未經處理直接排入海中，糞尿卻汙染了東部海域，其中又以近10年發展觀光快速的綠島、蘭嶼為最，學者懷疑大量觀光客的生活廢水汙染，可能是間接導致蘭嶼、綠島珊瑚礁死亡的原因之一。
中央研究院生物多樣研究中心研究員陳昭倫及專精水質化學分析的屏東科技大學教授孟培傑等多位學者，2008年受內政部營建署委託，對綠島周邊海域珊瑚礁群聚生態與珊瑚黑病，進行一年的觀察研究；研究團隊發現，綠島的生活廢水排放口，水質中含氮、磷等營養鹽元素偏高。陳昭倫表示，若依照環保署水質判定標準，已屬中、重度汙染，但因海水稀釋作用強又快，島上生活廢水排放口以外的海水，水質中營養鹽就急劇下降，甚至趨近於零。
陳昭倫指出，主要分布在綠島周邊1至3公尺海域的黑體海棉，是導致綠島周邊珊瑚礁得到黑病死亡的原因之一，去年綠島周邊珊瑚遭黑體海棉覆蓋率為 10%至20%，且覆蓋率逐年擴大。研究團隊也發現蘭嶼鄉野銀部落附近海域的珊瑚礁遭黑體海棉覆蓋比率更高達25%，而黑體海棉是造成珊瑚礁大量且快速死亡的重要原因。
「生活廢水直接排入海中實在離譜」，陳昭倫說，蘭嶼、綠島觀光客多，卻迄無生活廢水處理設備，近幾年綠島、蘭嶼珊瑚礁因黑體海棉死亡，不論是否與廢水直接排放有關，但隨著遊客日增，生活廢水汙染問題勢必日益惡化，他強烈建議台東縣政府應在蘭嶼、綠島增設簡易汙水處理系統，防止海洋遭受人為汙染。
「目前用來推論黑體海棉成長速度與生活廢水排放有關證據，並非那麼充分與直接」，陳昭倫說，以綠島人口最稠密的南寮村生活廢水排放口測得的營養鹽含量是全島最高，而南寮附近海域中的黑體海棉群聚最少，不過，因為南寮附近海域的洋流流速是全島最急、最洶湧處，當地生活廢水中的營養鹽很快就被海流沖散稀釋，可能因而影響黑體海棉在南寮海域的繁衍成長。
