由於氣候變遷與水土保持的破壞，近幾年來我國接連受到土石流與乾旱的困擾，水資源的管理益發顯得重要。雖然台灣的歷年（1949年－1980年）平均年雨量（2515公釐）高過世界平均雨量，但由於河川坡陡流急，再加上乾枯季雨量差異相當明顯，以至於被攔蓄利用或滲入地下水層的僅佔12%左右，其餘的不是蒸發掉，就是流入大海。因此，當2002年的降雨量（1178公釐）明顯地低於歷年平均年雨量時，長期的限水措施終於使大家體認到水資源的珍貴。
然而這麼珍貴的水資源卻受到另一嚴重的威脅，也就是工業污染。工業用水雖然僅佔所有的用水量的10%左右，然而由於該產業部門使用了各式各樣的毒性物質，再加上廠商為求競爭而不惜將廢水處理成本外部化，以及政府管制的鬆散，使得許多河川被重金屬等不能分解、會生物累積的毒性物質污染。而這些受污染的河段，常常就穿過我們的農田、漁塭等需要大量用水的地方。如果農人不察，直接援引污染的河水灌溉，就會造成土壤與糧食的污染，如中部的鎘米事件；如果農人或養殖業者放棄援引河水，而改抽地下水，就會造成地層下陷。因此，工業廢水雖然量不大，但卻相當減少了地面水的可利用率。
比如在竹科旁的大崎村，不僅灌溉溝渠長期以來受到竹科廢水的污染，而影響收成，就連居民以前用來飲用的地下水都受到污染，而只能買水喝，買水洗澡（見新新聞周刊828期）。而客雅溪也因竹科廢水的污染，而使得下游的蚵仔受到高含量的重金屬污染。為了呵護竹科，我們所付出的環境與健康成本實在太大了。而且若要整治這些污染，所要付出的成本可能比要求廠商好好處理排出廢水所需的成本還要高上好幾倍。然而在去年的缺水危機中，政府為照顧竹科廠商，而緊急宣佈休耕－這毋寧是台灣農業的悲哀。
雖然台灣的農業在加入WTO後，會更加衰退，而使得農業用水的需求量減少，但是水資源的缺乏現在已是全球性的問題，而且關係到糧食生產。由於水資源的不足，世界穀物的產量在過去4年中已有3年下跌；如果情況持續惡化下去，將來有錢卻買不到糧食的情況不是不可能。因此，確保自身有足夠的水資源，以及清淨肥沃的土壤，使糧食生產能夠自給自足是很重要的。而不是一味地要發展「高科技」，卻把立國之基的農業給犧牲掉了。
在政府想盡辦法花錢要蓋水庫、建人工湖以擷取更多的雨水來增加供水量的同時，或許加強管制工業廢水的排放，並建構獨立的工業污水下水道，以改善河川的水質、增進現有水資源的使用效率是更重要的。另外，政府應鼓勵的是清潔生產的產業，而不是披著「高科技」外衣的污染產業；否則，當南珂一夢後，要後悔都來不及了。
