2011年小琉球珊瑚礁體檢於25、26日舉辦，調查點為漁福漁港外、肚仔坪與厚石群礁。來自全台各地的潛水愛好者、潛水教練、及小琉球海洋志工隊共13人，參與此次的調查行動。調查成果顯示，珊瑚礁覆蓋率達到「一般」或「優良」的標準。
調查結果顯示，漁福港深處及淺處活珊瑚覆蓋率約51%及44%，幾乎已達到國際珊瑚礁體檢「優良」標準，但指標性魚類僅記錄到少量蝶魚、笛鯛、石鱸及鸚哥魚，指標性無脊椎動物僅記錄到魔鬼海膽及少量硨磲貝，極有可能是因為此地活珊瑚組成以軟珊瑚為主，而軟珊瑚較無法像石珊瑚提供立體結構讓生物躲藏，因此較沒有觀察到指標性動物。
肚仔坪深處及淺處活珊瑚覆蓋率約為31%及14%，符合國際珊瑚礁體檢「一般」的標準，指標性魚類有記錄到蝶魚、鸚哥魚及裸胸鯙，指標性無脊椎動物則記錄到魔鬼海膽、馬糞海膽及硨磲貝。科學指導員秦啟翔表示，此地珊瑚礁覆蓋率雖不及漁福港外側及厚石群礁，然而魚類數量及種類卻不輸這兩處，有可能是受附近箱網養殖的殘餌吸引而來。
厚石群礁深處及淺處覆蓋率則約有51%及31%，分別達到了「優良」及「一般」標準，然而指標性魚類及無脊椎動物僅記錄到常見的蝶魚、鸚哥魚、魔鬼海膽及硨磲貝，顯現此地也是受過漁威脅。有志工表示，當地幽靈漁網問題頗為嚴重，並且曾目擊海龜遭漁網纏死，顯見漁網對當地海洋生物造成嚴重生存威脅。
從高雄參來參與調查的潛水教練陳志忠認為，小琉球應可仿照墾丁劃設後壁湖保護區，或是綠島實施的季節性保護，讓長期遭受獵捕威脅的海洋生物族群量回升。
參與體檢的志工多認為，底層漁網是小琉球珊瑚礁的「天敵」，要能讓珊瑚礁魚群變多，必須先營造健康的珊瑚礁棲地，而清除漁網為首要任務。此外，小琉球近年來觀光興旺，遊客除了看海龜，也會從事浮潛、潛水活動，保持健康而美麗的海洋，是重要任務。
任職於海巡署的志工陳聰閔表示，台灣環境資訊協會舉辦的珊瑚礁體檢意義非凡，而這些珍貴的結果可以多加公開，讓更多政府漁業、景觀等主管機關及民間社群，透過這樣的行動以及調查結果，讓在地清除漁網等行動受到更多關注與支持。此外，也可藉由海巡署定期舉辦的大型淨灘活動，多方交流分享，將眾人力量整合。
志工陳冠茗則表示，參與珊瑚礁體檢的活動，不但能體驗潛水的樂趣，也能藉一己之力幫助調查台灣的海洋環境。而具有多年國外潛水經驗的志工李佳貞說，台灣的珊瑚礁之美不輸國外的熱門潛點，未來可以參考一些成功的休閒潛水度假的規劃模式，讓生態產業兼具高品質的觀光與生態保育意識。
小琉球海洋志工隊許成智表示，清除底層網，可以讓珊瑚礁魚群有個乾淨而健康的「家」可以住；而這工作需要眾人長期的累積，也需要更多人支持。10月中在綠島將進行2011最後一場珊瑚礁體檢，有興趣者請參考珊瑚礁體檢網站 http://reefcheck.blogspot.com 。
