卡拉麥里山自然保護區，位於新疆第二大沙漠東緣古爾班通古特沙漠東緣，除了肩負著防止沙漠擴大的任務外。當地的沙漠植披也是孕育許多動物，如今卻因為煤炭開採的步步進逼，讓新疆政府不斷縮減保護區範圍為企業採煤解套。一些專家擔心這樣過度開發持續下去除了為當地生態帶來危機，甚至可能造成準喀爾盆地東部的沙漠化。
根據新華社《經濟參考報》報導，在2011年，新疆自治區政府同意了調整縮減卡拉麥里山自然保護區的請求，保護區的面積被調減592.76平方公里。這是自2005年底以來，新疆第5次調減保護區面積。這個保護區已由建立時的1.8萬多平方公里縮減到目前的1.28萬平方公里。
與此前保護區被多次調減的原因相同，因為保護區的煤礦。卡拉麥里山自然保護區內管理站表示，這些來投資的企業都是好不容易招商前來投資，所以管理站也不方便表達意見。但是對於野生動物的生存空間不斷縮小感到憂心。
根據報導指出，1980年代初由自治區政府建立的卡拉麥里山自然保護區縱貫準噶爾盆地東側，保護區內生息繁衍著3萬多隻野生動物，其中包括蒙古野驢、鵝喉羚等48種重點保護的珍稀動物。中國科學院新疆生態與地理研究所研究員楊維康說，前後5次面積調減，已完全破壞了卡拉麥里山自然保護區的完整性。而在讓出的區域上建成的準東煤電煤化工產業帶完全切斷了野生動物南北遷徙的路線，導致它們無法安全越冬。
據經濟參考報報導，自2005年以來，中國40多家知名大企業、大集團紛紛進駐從保護區南部「讓出」的區域，按照自治區的規劃，這一被稱為準東的地區，將成為新疆煤電、煤化工產業基地。楊維康說，目前這些大企業、大集團已把準東地區的煤炭資源瓜分完畢，但眼下只是在簡單的挖煤、賣煤，粗放的開採方式已破壞了當地脆弱的生態環境。
更讓專家和當地居民擔心的是，過大的開發強度和面積將會加劇這一區域的沙漠化程度。據楊維康調查，這些新建的露天煤礦幾乎都分佈在原先保護區的荒漠、半荒漠之中，且位於古爾班通古特沙漠邊緣，開發過程中被剝離的地層和被車輛碾壓過的地表，都已經成不毛之地，極易形成流動沙丘，成為威脅新疆乃至我國北部地方的沙塵源。
根據報導，新疆自治區環保廳環評處處長稱，先污染、破壞環境，再治理，這是中外經濟發展史上的客觀規律，肯定是繞不過去的，能做到的只是儘量把這個過程縮短。
事實上，卡拉麥里山自然保護區面臨的困境並非個案，為了讓路給開發專案，自然保護區被迫調整邊界和功能的事件越來越多。為了開發羅布泊鉀鹽資源，新疆羅布泊野駱駝國家級自然保護區也多次被「瘦身」。
報導中訪問了環保組織自然之友負責人張伯駒表示，相較國家級自然保護區，省級以下保護區的命運不樂觀了，各地主管部門、甚至立法部門無法對抗地方政府開發衝動的壓力，在保護區和地方政府的發展出現矛盾的時候，最終犧牲的總是保護區。
針對新疆多次調整卡拉麥里山自然保護區的面積，張伯駒表示，對於生態脆弱的西部地區來說，為開發資源隨意調減保護區面積的做法，很可能再次產生「示壞」效應，其它省區很可能會效仿。
