歷經7年等待，台灣面積最完整，仍有生機的觀新藻礁，終於敲定以《野生動物保育法》劃設為野生動物保護區，成為全台第20個野生動物保護區；保護對象為河口藻礁海岸生態系及其棲息之鳥類、野生動植物，15日正式公告後，從此有「法」可保。
林務局表示，桃園藻礁生長之區域為「屬於河口及海洋等複合型生態系」之重要棲息環境，並依野生動物保育法第10條第2項規定劃定為「桃園觀新藻礁野生動物保護區」。保護區面積計396公頃，分為核心區76公頃、緩衝區101公頃、永續利用區219公頃。
行政院農業委員昨（7日）召開第9屆第2次「野生動物保育諮詢委員會」，按照往例仍拒絕記者旁聽，只於事後發布新聞稿。
新聞稿指出，委員會認可桃園縣政府所規劃之「桃園觀新藻礁野生動物保護區」案，依期程農委會預定於4月9日刊登政府公報預告「桃園觀新藻礁野生動物重要棲息環境」之類別、範圍及面積，並於4月15日公告；同時，桃園縣政府依野生動物保育法施行細則第13條公告為「桃園觀新藻礁野生動物保護區」。
林務局新聞稿特別強調，委員會進行討論前，邀請桃園縣觀新鄉保生社區發展協會、新屋鄉永興社區發展協會、永安社區發展協會等民間團體，「充分落實公民參與之精神」，民間團體均表示不反對劃定為野生動物保護區，但也期待仍能指定公告為自然保留區，作雙重保護。
至於未來是否全區或一部分區域，依《文化資產保存法》第76條規定，指定公告為自然保留區，林務局表示，將提報17日農委會自然地景審議委員會審議。
觀新藻礁保護區分區及管制事項
- 核心區：面積約76公頃，以新屋溪出海口外側及其海域為主，因河口的沉積物帶來大量營養鹽，提供藻礁生態需要的養分，為嚴格管制區域，禁止任何改變或破壞其原有自然狀態，必須經過主管機關特許始得採捕珠螺或其他貝類。
- 緩衝區：分南、北兩區，面積合計約101公頃，位於核心區兩側，以確保核心區不受干擾破壞，並容許有限度維持原土地使用型態。於開放期間，得從事淨灘、生態攝影、環境教育、生態旅遊等活動，惟區內重要動植物繁殖或過境季節期間得管制人員進出。
- 永續利用區：分為南、北兩區，面積合計約219公頃，接鄰緩衝區外側，北至大潭電廠導流堤，南至永安漁港護堤，在不影響自然生態平衡的前提下，容許運用以獲取其文化、教育、學術、經濟等效益。可開放供遊客進入該區進行體驗活動，惟不得從事游泳、浮潛及其他各式需器具輔助之活動或其他水域遊憩活動。
全台最珍貴、仍有生機的藻礁，位於觀音鄉小飯壢溪到新屋溪間的海岸，以及新屋溪口至後湖溪口北側。對此國家重要地景，過去因未受足夠重視，一直到2006年經研究人員發現，國營事業開發案打算在此穿腸破肚，而引起社會關注，2008年農委會林務局依據《文化資產保存法》列冊追蹤後，卻一直沒有進展。
沉寂3年後，因2011年底觀音工業區開發，才再度讓藻礁保育議題浮出檯面。2012年民間團體要求林務局依據《文化資產保存法》劃設為自然保留區，但卻與地方政府不同調，貧困的林務局必須考量後續維護管理，若硬是由中央決定，卻無資源管理，劃設意義並不大。
後經立法院召開藻礁保育公聽會，研商藻礁保育對策，5月桃園縣長也宣布撥千萬預算進行研究調查，鎖定以劃設野生動物重要棲息環境之可行性；縣府認為文資法目的在於「保存」，野動法則可「保育」，當地既有之利用行為可維持明智利用，兼顧產業及保育。
此外，2012年跨部會會議，包括桃園縣政府、經濟部工業局、經濟部水利署第二河川局、環保署、農委會林務局、台電大潭發電廠以及中油公司，透過分工改善藻礁現況；環保署與桃園環保局加強緝查違法工廠也使得當地水質明顯改善。
去（2013）年初，桃園縣議會再召開公聽會，要求盡速劃設保護區解救藻礁以及桃園海岸。台南大學附設小學透過課程，了解藻礁的重要性及危急之後，發動全校一人一信給總統、救藻礁，總統馬英九則回應「聽到了」。
電影《看見台灣》更讓桃園40公里海岸線，溪流、河口遭到工業廢水污染呈現紅、黑海的景象一覽無遺。今年初，行政院召開國土保育專案小組第3次會議，做成減輕突堤效應與漂砂效應之物理性危害、加強工業區污水放流標準及逐年改善老舊污水處理設備以及加速完成劃設保護區等決議。
劃設野生動物保護區之後，全區明定禁止各種開發、採取土石、礦物及傾倒廢土、排放廢污水及其他破壞保護區自然環境之行為。
