綠島是台灣珊瑚礁生態最豐富的地區之一，且相較於台灣其他地區珊瑚礁的處境，保存情形較為良好，近年來綠島觀光快速發展，遊客量逼近每年40萬人次，但整體旅遊行為缺乏規範，導致生態環境品質劣化。行政院蘇貞昌院於7月11日巡視綠島後指示，未來應將綠島發展成國際海洋生態旅遊島；7月21日行政政務委員吳豐山召開研商會議，決議籌設綠島國家公園。
營建署已為此積極展開可行性評估及規劃作業，並先後於9月14日及26日在台北和綠島召開座談會，廣泛聽取各方意見。營建署指出，保護綠島的海洋環境是大家的共識，但綠島各界對於國家公園規劃及經營管理措施的看法，仍存在些許落差，比如民宿與旅管業者擔心設立國家公園後，部分地區將被保護，導致遊客量減少、影響生意，營建署黃振能技正對此表示，綠島最寶貴的資產就是海洋生態系中豐富的珊瑚與魚類資源，必須永續保護與經營，若為一時的利益，允許遊客沒有節制的進行踏浪、乘坐潛艇、浮淺等活動，必將導致珊瑚生態快速覆沒，業者也再無利益可言了。
綠島目前劃歸在東海岸國家風景特定區的範圍內，由於觀光產業的興盛，海洋與陸地的自然資源卻日漸消減，雖然營建署強調綠島國家公園的保育重點在海洋生態，但與陸域生態的保育工作也息息相關，比如環島道路日夜不歇的服務，截斷椰子蟹等陸生動物的季節性移動與繁殖；海鮮料理的供不應求，也鼓勵了沿岸珊瑚礁生物的大量捕撈。過去近10年間，綠島等風景特定區偏重觀光遊憩發展的政策，的確有調整的必要。
黃振能強調，營建署將主動提供資訊，慢慢將細部的國家公園規劃循序執行，不會一下子全面禁止所有的水上活動，而是將採取某些地區開放旅遊與漁業、某些地區嚴謹保護的做法，使在設立國家公園的同時，亦能兼顧民眾權益。
國家公園是國土利用的最高層次，政府藉由設立綠島國家公園，不但可以投入較多的經費及人力達到平衡區域發展的目的，也能提升綠島居民整體生活品質，其生態資源更將得到完善的保護。海洋保護區不僅保護海洋環境，也為生態旅遊奠下永續發展的基礎。
