生態保育聯盟最初源起於1993年的「反對人工飼養野生動物聯盟」，當時是針對「人工飼養野生動物」的問題，促使人猿基金會、中華民國野鳥學會、台北市野鳥學會、信任地球生態保護組織、綠色消費者基金會、新環境基金會、TRAFFIC台北分會、關懷生命協會等環保團體結合，共同反對農委會將野生動物降級為非保育類動物。
經由結盟後，環保團體體認到解決此僵局的方法在於修改野生動物保育法，便由消極的反對轉變為積極的提出民間版的野生動物保育法，並成立「野生動物保育法修法聯盟」，透過立法遊說、公聽會、說明會等等的努力，終於1994年底，促使「野生動物保育法修正案」大致以民間版本通過。
環保團體透過此次的運動，體認到合作的重要與力量，因此決定持續合作，於是在1994年年底正式結盟為「生態保育聯盟」。
截至目前為止生態保育聯盟之加盟團體計有水源地文教基金會、台北市大自然教育推廣協會、台北市野鳥學會﹑台灣二十一世紀議程協會、台灣生態藝術基金會﹑台灣原住民文教基金會﹑台灣綠色和平組織﹑台灣環境保護聯盟﹑永續台灣雲嘉聯盟、主婦聯盟環境保護基金會﹑生態永續協會﹑生態關懷者協會﹑花蓮日出環境小組、自然步道協會、花蓮縣動物權益促進會﹑看守台灣研究中心、朴仔腳文化工作陣﹑自然生態教育基金會、自然與生態攝影學會﹑美濃愛鄉協進會﹑荒野保護協會﹑宜蘭縣環境保護聯盟、高雄市野鳥學會、海洋台灣文教基金會﹑澎湖縣野鳥學會﹑義美環境保護基金會﹑新境界文教基金會﹑綠色陣線協會﹑綠色消費者基金會、綠色主張工作室﹑動物社會研究室﹑動物農莊、環保生活協進會﹑環保聯盟台北分會﹑環保聯盟台南分會﹑環保聯盟花蓮分會﹑鳳山溪愛鄉協會﹑關懷生命協會﹑環境信託基金會﹑中華愛樹協會共40個民間團體。
生態保育聯盟網址 http://ultra.iis.sinica.edu.tw/~ngo
