爭議多時的台北大巨蛋BOT案，於去（2006）年10月馬英九卸任台北市長前，與遠雄集團完成簽約。依照合約，北市府將在一年後交地。負責推動此開發案的台北市教育局，環評程序未過，即開始在大巨蛋預定地松山菸廠進行移樹作業，且遭民眾檢舉移樹作業粗暴，園區珍貴樹木恐遭浩劫。居民9日在松山菸廠召開記者會，要求市政府在開發案審查未通過前，立即停止移樹作業。
光復國小家長與松菸附近居民組成的「東區森林運動公園催生聯盟」表示，大巨蛋興建案目前尚未定案，台北市教育局長吳清基於1月舉辦的說明會中說過，大巨蛋投資計畫審查尚有4項程序未過，包括：環境影響評估、都市計畫審議、老樹保護計畫、和航高限制再放寬。民眾質疑，該案尚未定案，怎麼可以先行動工？
9日記者會上，台北市議員厲耿桂芳要求北市教育局、文化局與公園處等單位，於松菸現場說明老樹的處置方式。對於民眾提出的工程單位粗暴砍樹作法，北市公園處副總工程司嚴恆生表示，所有作業皆按照「台北市樹木保護自治條例」辦理，而園區內的樹木經過樹保委員會審核，認定受保護樹木將先行移植，待園區興建工程完成，仍將回植於園區內。依照合約，巨蛋將在簽約一年後動工，若不盡快處理，老樹保存會來不及。
不過民眾對公園處的說明不滿，園區內許多超大型老樹，樹根幅度綿延數公尺，依照公園處移植樹木的方式，他們不相信這些樹木在經過移植後仍能存活。居民舉從前捷運興建時，附近老樹移除回植後幾乎半數死亡的案例，強烈表達對公園處的作法缺乏信心。
然而最受質疑的一點是，大巨蛋開發案環評未過，為何工程單位已經開始動作？
記者會上，官方與居民再度各執己見，場面一度火爆。市政府代表一再宣稱，經過民調，八成台北市民贊成大巨蛋開發案。現場居民則表示，他們並不反巨蛋，市政府告訴民眾將開發為文化體育園區，但遠雄的開發計畫中，松菸園區內除了大巨蛋外，其他幾乎都是飯店、百貨公司、辦公大樓等商業用途，少有開放空間。
當地居民認為，松山菸廠可以作為森林公園，政府卻把這片公有土地交由財團BOT，園區規劃根本沒有聽取民眾意見，為民眾考量；甚至之前舉辦的說明會，也是居民主動要求才辦的。由居民組成的運動公園催生聯盟，發表了一封給郝龍斌市長的公開信，提出具體要求：「為了留給下一代孩子們一個優質的生活環境，請您幫忙推動大巨蛋重新選址，改變松菸使用目的為森林運動公園；台北東區，也需要一個都市之肺。」
然而，居民提出違反環評、文化園區變質為商業大樓開發等質疑，官方僅以「一切依法辦理」、「居民未反對」等簡單回應帶過，未多做解釋。催生聯盟仍將持續據理力爭保存綠地與老樹，並已發起連署，要號召市民力量持續施壓。
