2016年11月，行政院長林全到大林蒲向居民致歉，承諾即刻改善污染且遷村方案從優考慮，高雄市長陳菊也表示要盡快啟動遷村普查，未來遷村討論將公開透明，尊重居民意見。不過就在1月初，當地居民發現市府舉辦了三場不公開的遷村說明會，只邀請里長、地方仕紳和宮廟代表，且出席人數不到30人，質疑市府的普查計畫搞黑箱。
要健康婆婆媽媽團高雄團團長洪秀菊表示，民政局局長說三場說明會結束後就會公告普查計畫，並且在兩個月內完成普查，這樣的流程太過草率，且普查對象和問卷內容未充分討論，這三場說明會不具代表性，她反對市府公告執行。
另一方面，民間監督大林蒲邦坑鳳鼻頭遷村聯盟質疑，市府的普查計畫是否兼顧了公平及合理性？他們主張應先召開公聽會。因市府提出的普查對象未排除幽靈人口，只要年滿20歲設籍在大林蒲即可參加普查，表達是否同意遷村，嚴重影響了當地有房地產居民的權益和統計結果。
遷村規劃沒有具體方案 民政局：透過普查了解遷村意向
遷村普查計畫引發爭議，高雄市議員陳麗娜昨（12）日召開公聽會，要釐清市府遷村普查的進度和各項爭議。數十位大林蒲居民、環團代表和專家學者出席表達對遷村普查的意見。
對於大林蒲遷村，行政院已指示由高雄市政府規劃，中央配合，不過目前對於遷村的預算、地點和方案都沒有具體定論。民政局表示，要透過普查了解居民的遷村意願和對方案的意向。舉辦說明會先向地方代表徵詢，一旦普查計畫修正定案後會上網公告，並向民眾進行說明。此外，未來普查將以一里三個工作人員挨家挨戶進行，預計在過完農曆年的兩個月時間內完成。
都發局則表示，市府問卷中提出的遷村方案並非定案，而是先提出幾個選項，若受訪民眾不同意也可提出個別意見。由於遷村經費龐大，未來將由中央支應，市府提出遷村政策規劃前，先透過普查了解民眾意向，據以擬定後續政策。
學者：遷村民調引發後續紛爭 應立專法
但是這項普查計畫和程序卻受在場民間團體和學者批評。嘉南藥理大學副教授陳椒華指出，市府不依行政程序舉辦公聽會，只由不到30位人士出席的說明會就要決定普查如何進行，未來實際執行遷村時，恐將引發更大的土地徵收抗爭。
高雄市立空中大學教授胡以祥認為，大林蒲的現況是人為的惡意災害，政府應編列預算來補償。他提出應為遷村立專法，規範如何排除幽靈人口意見以及預算編列等問題。此外，他說應立刻中止用家戶調查來取得遷村民意的做法，改採公投方式，若用民調來決定市府政策，未來恐怕紛爭不斷。
「桃園航空城區段徵收就是初期接受度高，後來引發當地人強烈抗爭，」元貞聯合法律事務所律師蔡易廷呼應遷村要立專法排除幽靈人口，「遷村不應只是用行政命令或行政規則來處理。」他指出，遷村牽涉到「幽靈人口」和「安置手段」極具爭議，應該通盤考量。
桃園航空城區因為初期許多投資客進入贊成區段徵收，但是當地人土地被徵收後，嚴重影響了往後的生活和產業，造成後期強烈的抗議。
蔡易廷說，市府進行的調查應確保符合在地居民的想法，此外也要讓居民充分取得資訊，大林蒲多為年長者，只是透過網站公告普查計畫是否妥當？且執行調查的人員需有足夠專業，為這些民眾解答各種配售和安置方案的疑問。
中山大學教授張其祿認為，大林蒲遷村應提高到中央層級，由國發會來主導規劃這個區塊，「這塊地未來要做什麼？應先把規劃想清楚，再來討論後續怎麼遷。」他也強調遷村討論應秉持由下而上的精神，必須有效確知在地民眾真實的聲音。
大林蒲居民：請市府官員將心比心 要求到六里召開公聽會
「請市府官員在處理遷村這件事要當成你家的事情來處理，」大鳳居民權益關懷協會理事長洪金枝一早帶著數十位大林蒲老人家來參加公聽會，她對於市府說明會只邀請幾位里長和宮廟人士參加不滿，「大林蒲的未來不是這些人決定，是所有大林蒲人來決定。」要求市府在沿海六里各里都舉辦公聽會，且反對將幽靈人口納入普查對象。
幾位居民也表達心聲，要求市府用誠意來處理遷村方案。有居民表示，很多當地人都不知道市府的遷村方案到底是什麼，受到誤導以為可以「一坪換一坪，一棟換一棟」，事實上目前提出的遷村經費約600億元，光土地費用就可能占去2/3，還有可能幫大家免費蓋房子嗎？民眾認為，市府應要確實講清楚，到底遷村後每個人還必須支付多少錢才能換到一棟房子，講清楚再來問要不要遷村。
