為遏止農地工廠亂象，立法院於2019年6月三讀修正《工廠管理輔導法》（工輔法），針對蔡政府上台後新增的農地工廠，明訂斷水斷電、即報即拆的處置，並於今年3月正式上路。
然而，新版《工輔法》實施至今五個月，許多地方的農地仍有工廠在新建，地球公民基金會等環保團體檢舉超過150件新增違章工廠，僅有一件拆除。農地違章工廠數量最多的彰化縣，目前的拆除件數更是掛零，環保團體認為，地方首長整頓意志不堅導致違章工廠持續新增，「斷水斷電、即報即拆都未落實，農地流失根本沒有止血」。
環團檢舉超過150件農地新增違章工廠 僅1件「自行拆除」
新版《工輔法》第28-1條規定，以2016年5月20日為界，蔡政府上台前既存的農地未登工廠將以「特定登記」等方式納管，並輔導其合法化，而蔡政府上台後才新增建的農地工廠則「應即依法停止供電、供水及拆除。」同時也授權中央政府，於地方怠於執行時，「得命其於一定期限內為之；屆期仍不作為者，中央機關得逕予依法停止供電、供水。」
然而，地球公民基金會比對製造業稅籍資料後發現，2016年5月20日後至2020年新增的未登工廠可能超過2萬間，然而，根據經濟部的數據，目前只有一家拆除、一家斷水斷電。環團從新法上路後便積極在全台檢舉超過150件新增建的農地違章工廠，卻僅有一家自行拆除，相較於全國新增農地違章工廠總量，可以說杯水車薪。
地球公民基金會山林國土組研究員蔡佳昇說，進一步調查後發現各縣市查處人力不足、拆除經費不足、縣市首長態度不明是各縣市處理緩慢的主要原因，「從電訪過程了解到，目前各縣市主要執行農地違章工廠拆除的承辦人力平均不到五人，最少的高雄市更只有一人。」他說，許多縣市將拆除違建外包，相較之下新北市有90人的拆除大隊，效率相對較高。
蔡佳昇指出，拆除一家違章工廠約需10～50萬元，「但縣市政府每年拆除違章建築的經費落差很大，新北市有3500萬，而違章工廠最多的彰化縣則只有100萬。」他說，雖然彰化縣有6人負責查報業務，但如此低的拆除經費也讓縣長王惠美交出拆除0家的最差成績。
蔡佳昇強調，農地違章工廠仍屬地方政府管理權責，法規都已經訂好了，縣市首長的執行態度決定能否解決農地工廠問題，「新北市和台中市是相對較為積極處理的縣市，且台中每次斷水斷電或拆除違章工廠都會有媒體報導，這也能起到嚇阻違法的作用。」他認為，新法上路後兩年內是納管違章工廠的黃金期，「政府若不嚴格落實執法，既存的違章工廠業者就不會認真去申請納管，而是繼續污染農地。」
各縣市拆除人力、經費懸殊 新北市每年3500萬 彰化縣僅100萬
此外，環境法律人協會專員黃子芸點名，新北市、台中市、南投縣、彰化縣、台南市、高雄市、屏東市等縣市，有根據《工輔法》制定違章工廠裁量基準，「但《工輔法》去年三讀修正後，這些縣市卻未更新裁量基準，納入制定斷水斷電、即報即拆的制度，仍以過去的裁罰在處理違章工廠問題。」他說，經濟部應該盡速制訂具體的斷水斷電實施方式，各縣市也應依照新版《工輔法》修改子法。
而彰化縣環境保護聯盟施月英則在彰化農地違章工廠的現場，以直播的方式表示彰化縣許多遭檢舉的違章工廠不僅沒有被斷水斷電，甚至還明目張膽地繼續營業，「向經濟部檢舉後，但他只是在7月27日函文給彰化縣政府，要求縣府依法辦理，但彰化縣政府至今超過一個月也沒有停工處分，也沒有斷水斷電。」他怒批，新版《工輔法》淪為口號和騙局。
黃子芸也說，經濟部編列7000多萬的預算進行盤點，至今卻仍不願公開未登工廠的名冊及地點，「合法廠商都必須依法公開工廠位置、業別運作毒化物等，經濟部為何持續掩護非法的未登記工廠，讓這些違章工廠不必揭露資訊又能繼續營運。」
地球公民基金會副執行長蔡中岳表示，環團呼籲縣市政府應增加違章工廠稽查人手、增列拆除經費，「尤其是農地違章工廠快速新增的彰化縣、桃園市。」各縣市也應依《工輔法》更新裁量基準，立即對新增違章工廠斷水斷電；經濟部中部辦公室應公開未登記工廠名單、位置與查處情形，並邀請民間團體參與工廠管理輔導會報。「別讓《工輔法》成為口號，經濟部應修改《未登記工廠停止供水供電作業程序》，具體化代行斷水斷電的實施方式。」
