降低溫室氣體排放已成為全球趨勢，而台灣的二氧化碳總排放量占世界1％，排第21名，人均排放量也高居第18名。中央研究院發佈新聞稿表示，2012年之前台灣產業將面臨國際貿易制裁的風險。
因此，中研院環境與能源研究小組提出幾項對於能源政策的主張，包括落實能源價格合理化及課徵碳稅、取消高耗能產業的補貼、能源市場自由化等等。其中，關於備受爭議的核能議題，中研院則建議核四應照原訂計畫完工運轉，並以核一、二、三廠延役作為替代方案，考慮在既有核電廠加裝新核能機組。
1990至2006年臺灣排放的二氧化碳成長了133%，是世界上成長最快的國家之一。1999年之後，惡化尤甚。1999至2006年間，經濟成長率比過去減半，而二氧化碳成長率卻居高不下。中研院環境與能源研究小組認為，主要是因為高碳能源在能源供給的比重提高及能源效率降低。
中研院指出，國際比較顯示台灣的能源效率比歐盟及日本分別低了47％及65％。故2012年之前台灣產業會面臨國際貿易制裁（特別是歐盟）的風險。台灣的出口及進口分別占GDP比率皆超過50％，歐盟2006年占台灣出口及進口總額也皆超過10％。出口若受歐盟等工業國家的貿易制裁，台灣經濟勢必遭受重大打擊。
台灣雖非京都議定書簽約國，京都議定書也沒有貿易制裁的規定，但根據WTO有關貿易障礙的規定，對環保有「例外條款」。即基於環保考慮可對進出口品課徵環保稅。且歐盟已於2007年8月完成立法，要求能源使用產品需滿足生態設計的要求（EUP），否則可限制其進口。
中研院呼籲訂定溫室氣體減量目標，儘速通過溫室氣體減量法，並規劃通過全國二氧化碳排放減量，於2025年回到2000年排放量，並進一步在2050年比2000年減半。為達到此一目標，中研院向新政府提出以下建議：
一、 厲行節能：
以每年提高能源效率2％為目標，推動全國減碳與節能運動，落實教育宣導。導正目前補貼油價、電價及氣價的作法，落實能源價格合理化政策及課徵碳稅，以反應能源使用的碳排放社會成本；並提高電器、鍋爐及車輛能源效率標準，獎勵綠建築。政府增加的收入用來：
- 對節能績效良好廠商退還部分已徵能源稅，以鼓勵廠商參與自願減量計劃建立前期碳權交易制度；
- 取消汽車及水泥以外的貨物稅、娛樂稅、印花稅、及汽車燃料使用費；
- 提高所得稅最低扣除額；
- 對低收入戶給予能源津貼；
- 分擔企業對其員工的社會福利支出；
- 提供節能與新能源科技研發經費，以能源研發預算倍增為目標；
- 到國外購買碳排放權。
二、 改善產業結構：取消鋼鐵、石化、水泥等耗能產業之政策補貼。新設之耗能產業宜有下列配套：
- 汰舊換新；
- 只生產滿足國內需求的原料而不求外銷；
- 採用最佳且可行之控制技術；
- 在國內及國外進行碳排放抵換及碳權交易。為促進服務業等低耗能產業之發展，並落實經濟自由化及國際化政策，兩岸經貿法規宜大幅鬆綁。石油業的進入障礙應予排除，並開放電力及天然氣市場，使能源市場逐步自由化，建立公平且有效率的能源市場。獎勵再生能源產業、節能產業及節能服務業的發展。
三、促進能源多元化：
提高再生能源、天然氣、具碳捕捉和封存技術之循環發電及核能等低碳能源比重。目前不含大水力發電的再生能源，占能源總供給的比率僅0.7％。由於台灣受到地小人稠、颱風等等地理環境的限制，在發展再生能源的政策上，不宜將推廣再生能源使用與發展再生能源產業兩者混為一談。
從能源使用的角度來看，推廣再生能源使用應考量其淨能源效益，並進行包含減碳等外部效益的成本效益分析。不符上述兩項評估標準的再生能源，現階段不宜進行大規模推廣，而宜以挹注其研究發展，以建立產業國際競爭力為重點。再生能源發展計畫除考慮以上二評估標準外，尚應考慮其工程施工之可行性、對環境之衝擊有合理的長期和分期計劃目標。
比較1998年「第一次全國能源會議」和2005年6月「第二次全國能源會議」的能源結構規劃，後者大幅降低核能的比重，由原先的15％降為4.0％。其影響是2025年的二氧化碳減量目標需大幅調低20%。由於目前沒有找到其他可行的替代能源，為達成減碳及穩定能源供給的目標，在確保核能安全及妥善處理核廢料的前提下，核四應照原訂計畫完工運轉，以核一、二、三廠延役且提高發電效率作為替代方案，並且考慮在既有核電廠加裝新核能機組，以善用稀有的核電廠可用土地資源。
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